Sebuah studi asosiasi genome-lebar pada snps umum dan cnvs langka di anorexia nervosa | psikiatri molekuler

Sebuah studi asosiasi genome-lebar pada snps umum dan cnvs langka di anorexia nervosa | psikiatri molekuler

Anonim

Subjek

  • Studi asosiasi genome-lebar
  • Gangguan kejiwaan

Abstrak

Anorexia nervosa (AN) adalah penyakit mental dengan mortalitas tinggi yang paling sering diderita remaja perempuan. Gejala klinis termasuk penolakan makanan kronis, penurunan berat badan dan distorsi citra tubuh. Kami melakukan studi asosiasi genom-luas pada 1033 kasus AN dan 3733 subyek kontrol pediatrik, semuanya keturunan Eropa dan genotipe pada platform Illumina HumanHap610 (Illumina, San Diego, CA, USA). Kami mengkonfirmasi bahwa polimorfisme nukleotida tunggal tunggal (SNPs) dalam OPRD1 (rs533123, P = 0, 0015) memberikan risiko untuk AN, dan memperoleh bukti sugestif bahwa SNP umum di dekat HTR1D (rs7532266, P = 0, 04) memberikan risiko untuk membatasi tipe AN secara khusus. Namun, tidak ada SNP yang mencapai signifikansi luas genom dalam data kami, sedangkan sinyal asosiasi top terdeteksi di dekat ZNF804B , CSRP2BP , NTNG1 , AKAP6 dan CDH9 . Secara paralel, kami melakukan analisis lebar genom pada variasi jumlah salinan (CNV) menggunakan data intensitas sinyal dari susunan SNP. Kami tidak menemukan bukti bahwa kasus AN memiliki CNV lebih dari subjek kontrol, juga tidak memiliki representasi CNV langka atau besar yang berlebihan. Namun, kami mengidentifikasi beberapa daerah dengan CNV langka yang hanya diamati pada kasus AN, termasuk penghapusan 13q12 (1, 5 Mb) berulang yang mengganggu SCAS dalam dua kasus, dan CNV yang mengganggu wilayah CNTN6 / CNTN4 dalam beberapa kasus AN. Sebagai kesimpulan, penelitian kami menunjukkan bahwa SNP umum dan CNV langka dapat memberikan risiko genetik untuk AN. Hasil ini menunjuk pada gen yang menarik yang menunggu validasi lebih lanjut dalam kohort independen untuk peran konfirmasi di AN.

pengantar

Anorexia nervosa (AN) adalah suatu sindrom yang ditandai dengan penolakan makanan kronis, penurunan berat badan, ketakutan irasional terhadap kenaikan berat badan bahkan ketika kurus, dan distorsi tentang berat dan bentuk tubuh. 1 Wanita lebih sering terkena daripada pria dalam rasio ∼ 10: 1, dengan ∼ 0, 9% wanita AS yang terkena dampak dan usia remaja yang hampir seragam saat onset. 2 Ada beberapa subtipe AN. 1 Mereka yang memiliki subtipe pembatasan memiliki asupan makanan yang sangat berkurang, dan mereka yang memiliki subtipe pesta makan / membersihkan juga terlibat dalam perilaku makan pesta atau membersihkan. Dibandingkan dengan gangguan perilaku lainnya, AN memiliki presentasi stereotip sehubungan dengan risiko spesifik gender, usia onset, gejala, tanda dan perjalanan penyakit. 2 AN dikaitkan dengan morbiditas yang signifikan dan memiliki tingkat kematian tertinggi di antara semua gangguan kejiwaan, 3 dengan perkiraan terbaru dari rasio kematian standar setinggi 6, 2. 4 Perawatan untuk AN sangat menantang karena sebagian besar pasien kurang memahami penyakit mereka dan enggan menjalani pemulihan berat badan.

Beberapa bukti menunjukkan komponen genetik yang kuat dalam kerentanan terhadap AN. Tingkat agregasi keluarga yang tinggi diamati untuk AN, dengan risiko kekambuhan relatif tingkat pertama> 10. 5, 6 Tingkat peningkatan AN juga terlihat di antara kerabat tingkat pertama dari gangguan bulimia nervosa, dan sebaliknya. 5 Studi kembar memperkirakan heritabilitas AN berkisar antara 58 hingga 74% dalam dua studi yang dilakukan di Amerika Serikat, 7 56% dalam studi yang dilakukan di Swedia 7 dan 75% dalam studi yang dilakukan di Denmark. 8 Sedikit variabilitas mungkin berkaitan dengan perbedaan dalam budaya atau kriteria kepastian / diagnostik.

Beberapa penelitian telah dilakukan untuk menyelidiki dasar genetik AN. 9, 10 Sebuah studi keterkaitan mikrosatelit memetakan lokus pada kromosom 1, yang mungkin mengandung alel risiko untuk kategori diagnostik AN yang paling sempit, AN tipe pembatas (RAN). 11 genotipe single-nucleotide polymorphisms (SNPs) di wilayah ini 12 meningkatkan sinyal keterkaitan dan dinominasikan alel kerentanan dari efek kecil, dalam dua gen kandidat yang masuk akal, yaitu OPRD1 (reseptor opioid delta) dan HTR1D (reseptor serotonin 1D). Sinyal asosiasi pada gen-gen kandidat ini kemudian dikonfirmasi oleh penelitian independen. 13 Analisis keterkaitan menggunakan kovariat, seperti skor skala obsesi, mengidentifikasi beberapa wilayah genomik lainnya, yang mungkin mengandung alel kerentanan AN. 14, 15 Beberapa studi asosiasi tentang AN menggunakan gen kandidat di jalur yang dipilih juga telah dilakukan. Selain studi tentang HTR1D dan OPRD1 , sebuah studi menguji SNP pada gen reseptor serotonin 2A, tetapi gagal menemukan hubungan. 16 Beberapa penelitian lain telah menguji gen dalam jalur dopamin, dan mendeteksi bukti untuk hubungan DRD2 (dopamin D2), 17 tetapi tidak untuk COMT (katekol- O- metiltiltransferase). 18 Bukti positif dari hubungan juga dilaporkan untuk BDNF (faktor neurotropik yang diturunkan dari otak), 19, 20 tetapi banyak studi asosiasi gen kandidat lain umumnya gagal menemukan hubungan yang signifikan. 21 Baru-baru ini, sebuah kelompok Jepang melakukan investigasi AN pada seluruh genom dengan mengetikkan kumpulan DNA pada penanda mikrosatelit dengan tindak lanjut SNP genotipe, dan mendeteksi hubungan signifikan pada rs2048332 dekat SPATA17 pada 1q41. 22 Singkatnya, meskipun banyak studi keterkaitan, studi asosiasi gen kandidat dan studi asosiasi skala kecil genome, arsitektur genetik yang mendasari kerentanan AN masih belum diketahui.

Untuk mengidentifikasi lokus kerentanan AN, kami melakukan studi asosiasi genome-wide (GWAS) menggunakan array SNP kepadatan tinggi pada kohort AN besar. Mengingat kontribusi variasi jumlah salinan (CNV) yang diketahui terhadap gangguan neuropsikiatri, 23 kami juga melakukan studi paralel pada CNV, dengan mengambil keuntungan dari data intensitas sinyal dari susunan genotip SNP. Di sini, kami melaporkan hasil dari analisis pada SNP umum dan CNV langka. Studi kami mengkonfirmasi peran potensial gen kerentanan yang diketahui, tetapi juga menunjukkan beberapa gen kerentanan tambahan dan varian yang layak untuk ditindaklanjuti.

Hasil

Asosiasi genom seluruh data SNP

Kami melakukan GWAS pada 1033 kasus AN dan 3773 subyek kontrol pediatrik, yang semuanya genotipe oleh Illumina Human610 SNP array dengan lebih dari 598.000 penanda SNP. Kami menggunakan analisis MDS pada subset penanda SNP yang tidak dalam LD, untuk memastikan bahwa hanya sampel dengan keturunan Eropa disimpulkan secara genetik yang digunakan dalam tes asosiasi (Gambar Tambahan 1) dan untuk memastikan bahwa kasus dan subjek kontrol cocok dengan leluhur genetik mereka ( Gambar Tambahan 2). Plot Manhattan untuk tes asosiasi genom seluruh diberikan pada Gambar 1.

Image

Plot logaritma Manhattan dari nilai- P vs koordinat genomik untuk seluruh genom single-nucleotide polymorphism (SNP) marker. GWAS, studi asosiasi genom-lebar.

Gambar ukuran penuh

  • Unduh slide PowerPoint

Tidak ada SNP yang mencapai tingkat signifikansi genome-wide yang ketat, dan penanda paling signifikan adalah rs6959888 dalam ZNF804B pada 7q21, dengan nilai- P 1, 6x10 −6 (Tabel 1). Paralognya ZNF804A sebelumnya dikaitkan dengan skizofrenia, 36 tetapi fungsi untuk kedua gen tersebut belum dikarakterisasi. Daftar 10 lokus tambahan yang paling terkait dengan P <1 × 10 −6 dijelaskan pada Tabel 1. Dari catatan, beberapa lokus, termasuk APAK6 , SSBP2 , FAM155A , LPP2 dan ELAVL2 , menampung beberapa SNP dengan tingkat signifikansi nominal. Melakukan tes asosiasi berbasis regresi logistik yang menggabungkan komponen utama sebagai kovariat memiliki efek kecil pada hasil (Tambahan Tabel 2 dan 3). Untuk masing-masing SNP yang paling signifikan, kami juga memeriksa statistik asosiasi dalam (1) 1009 kasus perempuan dan 1731 subyek kontrol perempuan (Tambahan Tabel 4); (2) 394 kasus dengan RAN dan 3773 subyek kontrol (Tambahan Tabel 5); (3) 368 kasus dengan riwayat keluarga gangguan makan dan 3773 subyek kontrol (Tabel Tambahan 6) dan (4) 489 kasus dengan usia diagnosis 16 tahun dan 3773 subyek kontrol (Tabel Tambahan 7). Mempertimbangkan beberapa jenis tes asosiasi yang telah kami lakukan, ambang batas signifikansi genom yang sesuai harus dianggap sebagai P <1 × 10 −8 . Ketika memeriksa subyek perempuan saja, sebagian besar SNP menunjukkan penurunan signifikansi, kecuali SNP yang terletak di dalam wilayah intergenik antara CDH10 dan CDH9 ( P = 2, 5 × 10 −8 ). Wilayah ini sebelumnya dikaitkan dengan gangguan spektrum autisme, 37 tetapi SNP terkait autisme rs4307059 tidak menunjukkan bukti hubungan dengan AN ( P = 0, 45). Ketika membandingkan subjek dengan RAN dan subyek kontrol, tidak ada lokus yang menunjukkan bukti kuat dari asosiasi. Ketika membandingkan kasus dengan riwayat keluarga dan subyek kontrol, tidak ada lokus yang menunjukkan bukti kuat tentang hubungan. Demikian pula, ketika membandingkan subyek dengan diagnosis onset dini dan subyek kontrol, kami tidak mengamati bukti kuat dari asosiasi. Singkatnya, daftar lokus pada Tabel 1 tidak mengungkapkan gen kandidat yang jelas, tetapi mereka mewakili daftar gen prioritas yang layak untuk ditindaklanjuti dengan studi dalam kelompok independen tambahan.

Tabel ukuran penuh

Pemeriksaan varian kandidat yang dilaporkan sebelumnya

Kami selanjutnya memeriksa apakah kami dapat mengkonfirmasi varian spesifik yang dikaitkan dengan AN dalam penelitian yang diterbitkan sebelumnya. Dua studi independen telah menunjukkan bahwa dua varian yang terletak di OPRD1 dan HTR1D pada wilayah hubungan 1p33-36 dikaitkan dengan AN. 12, 13 Dalam Brown et al. 13 studi, rs569356 dalam OPRD1 menunjukkan hubungan dengan AN dan RAN, sedangkan rs856510 dan rs674386 ( r 2 = 1 dengan satu sama lain) dalam HTR1D menunjukkan bukti lemah hubungan dengan RAN saja. Dalam penelitian kami, kami memeriksa SNP rs533123 dalam OPRD1 ( r 2 = 0, 95 dengan rs569356 dan 4 kb jauhnya), dan mengkonfirmasi keterkaitan dan arah efek dengan AN ( P = 1, 5 × 10 −3, rasio odds = 1, 2, alel minor) frekuensi (MAF) = 21, 7% dalam kasus, MAF = 18, 6% pada kontrol). Kami juga memeriksa rs7532266 dekat HTR1D ( r 2 = 1 dengan rs674386 dan 30 kb jauhnya), tetapi tidak menemukan bukti hubungan ( P = 0, 44, MAF = 31, 1% dalam kasus, MAF = 32, 0% pada kontrol). Sebagai Brown et al. penelitian menunjukkan hubungan antara HTR1D dan RAN, tetapi tidak dengan diagnosis AN yang lebih luas, kami juga membandingkan subset kasus RAN dan subyek kontrol. Kami mendeteksi sinyal hubungan lemah untuk rs7532266 ( P = 0, 04, MAF = 28, 5% dalam kasus RAN) dengan efek alelik yang diamati dalam arah yang sama dengan laporan sebelumnya. Tidak ada sampel yang tumpang tindih antara Brown et al. dan penelitian kami, dan menggabungkan studi-studi ini dengan metode gabungan Fisher menunjukkan bahwa OPRD1 dikaitkan dengan AN ( P = 1, 76 × 10 −5 ), namun HTR1D secara khusus dikaitkan dengan RAN ( P = 0, 006).

Kami juga memeriksa SNP rs2048332 pada 1q41 yang dilaporkan dalam penelitian di Jepang. 22 SNP ini tidak ditempatkan pada array Illumina Human610, jadi kami memeriksa rs6604568 sebagai gantinya, yang memiliki r 2 = 0, 84 dengan rs2048332 dan hanya berjarak 15, 6 kb. SNP rs6604568 tidak dikaitkan dengan AN dalam penelitian kami ( P = 0, 13, MAF = 28, 0% dalam kasus, MAF = 29, 7% pada kontrol). Membandingkan kasus RAN dan subyek kontrol tidak mengungkapkan hubungan apa pun baik ( P = 0, 62), menunjukkan bahwa sinyal asosiasi yang dilaporkan sebelumnya mungkin spesifik etnis. Selain itu, polimorfisme berulang CAG di KCNN3 telah dikaitkan dengan AN. 38, 39 Pengulangan CAG tidak dijelaskan dalam sampel HapMap, jadi kami memeriksa semua SNP dalam KCNN3 . Kami mengidentifikasi 85 SNP dalam KCNN3 dan 6 SNP dekat KCNN3 (0, 3-27 kb jauhnya), dengan SNP yang paling signifikan adalah rs906281 ( P = 0, 002). Namun, SNP mungkin tidak menandai polimorfisme berulang CAG.

Investigasi CNV secara genom

Selain SNP umum, CNV langka telah dikaitkan dengan beberapa gangguan neuropsikiatri terkait, termasuk skizofrenia, 40, 41 autisme 42 dan gangguan bipolar. 43 Dengan demikian, kami selanjutnya memeriksa peran CNV langka dalam predisposisi AN. Menggunakan data intensitas sinyal dari susunan SNP, kami menghasilkan panggilan CNV untuk 1015 kasus AN dan 3532 subjek kontrol yang lulus pengukuran kontrol kualitas oleh PennCNV. 34 Karena peningkatan 'beban CNV' telah dilaporkan dalam kasus skizofrenia, 40 kami pertama kali memeriksa apakah kami dapat menemukan lebih banyak CNV dalam kasus AN daripada subyek kontrol. Kami mengingatkan bahwa jenis analisis 'beban' ini mungkin sangat rentan terhadap bias data yang disebabkan oleh kualitas sinyal dalam percobaan genotipe, jadi kami menyelidiki beberapa ambang batas berbeda untuk panggilan CNV. Ketika menggunakan parameter PennCNV default untuk panggilan CNV (mark3 marker), kami mengamati CNV yang sedikit lebih sedikit dalam kasus dibandingkan kontrol (30, 4 vs 31, 2 per subjek). Ketika membatasi analisis pada serangkaian panggilan CNV yang lebih percaya diri (10 marker, CNV100 kb), kami mengamati jumlah CNV yang serupa dalam kasus vs subjek kontrol (3, 0 vs 3, 2 per subjek). Saat memeriksa CNV besar (10 penanda, CNV1 Mb), pengamatan serupa dilakukan (0, 12 vs 0, 12 per subjek). Tidak ada CNV dalam kasus atau subjek kontrol yang> 2 Mb.

Mengingat kesamaan total muatan CNV dalam kasus AN dan subjek kontrol, kami selanjutnya menilai apakah kasus AN cenderung memiliki CNV yang lebih jarang. Untuk analisis ini, kami mendefinisikan wilayah CNV umum sebagai wilayah yang terganggu pada> 1% subyek, dan kemudian mengklasifikasikan CNV sebagai 'umum' jika> 50% dari rentang genom mereka tumpang tindih dengan wilayah CNV umum, atau 'jarang' sebaliknya. Dalam kasus AN dan subyek kontrol, 22, 7 dan 22, 7% dari CNV masing-masing diklasifikasikan sebagai CNV langka. Ketika memeriksa CNV langka> 100 kb, > 500 kb atau> 1 Mb, kami masih tidak bisa mendapatkan bukti bahwa CNV langka lebih banyak terwakili dalam kasus AN dibandingkan dengan subyek kontrol. Oleh karena itu, 'beban genetik' CNV langka mungkin memiliki fungsi yang kurang penting dalam kerentanan AN dibandingkan pada gangguan kejiwaan lainnya.

CNV langka dalam kasus AN menunjukkan wilayah dan gen tertentu

Karena tidak ada studi CNV tentang AN yang telah dipublikasikan, kami tidak memiliki temuan CNV spesifik untuk mengonfirmasi. Sebagai gantinya, kami pertama-tama berfokus pada beberapa CNV yang terlibat dalam penyakit neuropsikiatrik lainnya seperti skizofrenia, autisme, dan epilepsi. 40, 44, 45, 46, 47, 48 Ini termasuk penghapusan / duplikasi berulang pada 1q21.1, 15q11.2, 15q13.3, 16p11.2, 16p13.1 dan 22q11.2 serta penghapusan eksonik> 100 kb pada NRXN1 , yang semuanya sangat besar dan dapat dengan mudah dideteksi oleh array SNP saat ini. Mengingat ukuran sampel yang kecil, kami tidak berharap untuk mendeteksi hubungan, dan, oleh karena itu, menyajikan hasil deskriptif. Dalam kasus AN, kami mendeteksi satu penghapusan 1, 5 Mb dan satu duplikasi pada 1q21.1, tiga penghapusan 370 kb dan 13 duplikasi pada 15q11.2, satu penghapusan 800 kb dan satu duplikasi pada 16p13.1, serta satu duplikasi 530 kb pada 16p11.2. Semua individu ini adalah wanita. Secara klinis, mereka tampaknya tidak menonjol dibandingkan dengan kasus lain dengan pengecualian bahwa kasus dengan penghapusan 1q21.1 melaporkan indeks massa tubuh minimum seumur hidup 11, 4, yang sangat rendah, bahkan untuk individu dengan AN. Sebagai perbandingan, dalam subyek kontrol, kami mengamati 16 penghapusan dan 21 duplikasi pada 15q11.2, satu penghapusan pada 15q13.3, dua penghapusan dan delapan duplikasi pada 16p13.1, satu penghapusan dan tiga duplikasi pada 16p11.2. Meskipun duplikasi 15q11.2 menunjukkan beberapa bukti hubungan ( P = 0, 036, uji eksak dua sisi Fisher), itu tidak lulus penyesuaian untuk beberapa pengujian. Hasil-hasil ini juga dirangkum dalam Tabel Tambahan 8.

Kami selanjutnya memeriksa CNV langka dan besar dalam kasus AN untuk menentukan apakah beberapa dari mereka cenderung mengelompok di wilayah genomik yang sama (Tabel 2). Menariknya, kami mengidentifikasi CNV besar dan langka pada 13q12 (bab 13: 22426685-23795901, ∼ 1, 4 Mb) yang hadir dalam dua kasus AN (Gambar 2a). CNV tidak terdeteksi pada subjek kontrol dalam penelitian kami. Untuk mengidentifikasi frekuensi populasi sebenarnya dari CNV khusus ini, kami kemudian memeriksa kumpulan data yang lebih besar yang terdiri lebih dari 72.918 subjek yang di-genotipe oleh array Illumina 550K atau 610K (semua sampel di-genotipe di CHOP), dan mengidentifikasi 38 subjek yang membawa CNV 13q12 ( > 80% basis tumpang tindih), termasuk 15 penghapusan dan 23 duplikasi. Oleh karena itu, frekuensi populasi penghapusan ini adalah ∼ 1/5000 vs 1/500 untuk AN; Namun, pengayaan 10 kali lipat ini dapat meningkat dengan kutukan pemenang, dan kami mencatat bahwa interval kepercayaan 95% untuk rasio odds adalah 1, 06-41, 3. Beberapa gen terlampir dalam CNV ini; di antara mereka, SCAS sangat diekspresikan dalam jaringan neuron, dan mutasi pada gen ini menghasilkan ataksia spastik autosom resesif. 49 Selain itu, satu duplikasi (877 kb) dan satu penghapusan (952 kb) keduanya mengganggu gen CNTN6 dan CNTN4 dan daerah intergeniknya (Gambar 2b). Penghapusan atau translokasi di wilayah ini telah dilaporkan dalam autisme, keterlambatan perkembangan dan penyakit lainnya. 50, 51 Menimbang bahwa rasio kasus: kontrol dalam kumpulan data kami bukan 1: 1, selain analisis pada CNV spesifik kasus, kami juga mendaftar semua CNV besar dan langka (> 500 kb, <1%) pada Tabel 2. Mengingat ukuran sampel yang relatif kecil, tidak satu pun dari wilayah ini akan mencapai signifikansi statistik. Namun, variasi genetik yang jarang dengan penetrasi tinggi mungkin menunjuk ke gen kandidat penting yang layak untuk dianalisis lebih lanjut.

Tabel ukuran penuh

Image

Bidikan Browser Genome dan validasi visual pada ( a ) penghapusan 13q12 dan ( b ) penghapusan / duplikasi yang mengganggu wilayah CNTN4 / CNTN6 . Wilayah variasi jumlah salinan yang diprediksi (CNV) terlampir dalam dua garis vertikal abu-abu, sedangkan titik merah mewakili penanda dalam CNV. Rasio Log R ratio (LRR) menunjukkan intensitas sinyal total, dan penurunan atau peningkatan LRR menunjukkan adanya penghapusan atau duplikasi. Plot frekuensi alel B (BAF) menunjukkan rasio intensitas alelik, dan kurangnya BAF sekitar 0, 5 menunjukkan adanya penghapusan, namun kelompok BAF sekitar 0, 33 dan 0, 66 menunjukkan adanya duplikasi.

Gambar ukuran penuh

  • Unduh slide PowerPoint

Diskusi

Dalam penelitian ini, kami melakukan penyelidikan genom pada SNP dan CNV untuk mengidentifikasi varian genetik yang terkait dengan AN. Sepengetahuan kami, ini adalah studi pertama yang menggunakan teknologi genotip seluruh-genom dan kepadatan tinggi untuk menyelidiki dasar genetik AN, dan analisis kami mengidentifikasi gen dan wilayah spesifik yang layak untuk studi tambahan dalam kelompok independen. Namun, sementara lokus CNV yang diidentifikasi menarik, kami juga ingin membahas beberapa peringatan terkait dengan desain penelitian dan interpretasi hasil.

Pertama, meskipun ukuran sampel yang relatif besar (> 1000 kasus) dibandingkan dengan studi asosiasi sebelumnya pada AN, kami masih tidak dapat menemukan sinyal signifikan seluruh genom. Pengamatan ini mirip dengan studi ukuran sederhana sebelumnya pada gangguan bipolar dan skizofrenia, dan mungkin menunjukkan bahwa ukuran sampel yang jauh lebih besar diperlukan untuk mengidentifikasi varian umum dengan efek kecil untuk gangguan neuropsikiatri. Atau, itu juga mungkin menyarankan bahwa varian langka mungkin memiliki fungsi yang lebih signifikan untuk AN, dan karenanya sulit untuk dideteksi tanpa ukuran sampel yang jauh lebih besar di GWAS. Pengamatan ini memotivasi kami untuk melengkapi analisis SNP umum dengan analisis CNV yang langka. Namun, kami tidak dapat mengumpulkan dukungan bahwa CNV langka cenderung diperkaya dalam kasus dibandingkan dengan subyek kontrol. Sementara mengakui bahwa analisis 'beban genetik' tersebut sangat rentan terhadap kebisingan dalam data dan bias diferensial dalam eksperimen genotip, hasil ini tampaknya menunjukkan bahwa varian langka, termasuk CNV berulang dan yang tidak berulang, tampaknya memiliki fungsi yang kurang penting, dibandingkan dengan penyakit kejiwaan lainnya seperti skizofrenia dan autisme. 40, 41, 44, 45

Kedua, dibandingkan dengan SNP, mengingat sifat langka dari CNV besar yang mengganggu gen, itu membutuhkan ukuran sampel yang lebih besar untuk membangun hubungan yang benar antara CNV dan fenotipe penyakit. Oleh karena itu, meskipun gen yang diidentifikasi oleh analisis CNV langka kami (Tabel 2) adalah kandidat yang menarik, set sampel tambahan dengan data genotipe genom keseluruhan diperlukan untuk lebih memvalidasi hasil ini dan membentuk asosiasi konfirmasi. Di sisi lain, dalam penelitian ini, kami tidak secara khusus menguji untuk CNV umum, sebagian karena CNV umum cenderung kecil (dengan peningkatan tingkat negatif palsu untuk dideteksi oleh algoritma komputer), dan mereka sudah ditandai dengan baik oleh genotipe SNP array. 52

Akhirnya, mengingat bahwa presentasi fenotipik AN dapat berbeda antara berbagai subtipe, kami juga telah melakukan analisis berbasis subkelompok pada beberapa subkelompok, termasuk RAN, kasus AN dengan riwayat keluarga, atau kasus AN dengan usia diagnosis dini. Namun, tak satu pun dari analisis subtipe ini menghasilkan hasil signifikan genome-wide. Kami mencatat bahwa analisis ini semakin mengurangi ukuran sampel, sehingga memiliki kekuatan yang lebih kecil untuk mendeteksi hubungan sebenarnya. Namun demikian, akan penting dan masuk akal untuk mengeksplorasi apakah sinyal asosiasi spesifik cenderung lebih kuat atau bahkan cenderung eksis secara eksklusif pada subtipe penyakit tertentu. Sebagai contoh, dalam penelitian kami, hubungan OPRD1 dengan AN diamati secara eksklusif dalam perbandingan antara RAN dan subyek kontrol, dan tidak ada bukti hubungan yang ditemukan untuk seluruh kelompok AN.

Kami juga merasa penting untuk membahas hasil kami dibandingkan dengan penyakit neuropsikiatrik / perkembangan saraf lainnya seperti skizofrenia, gangguan bipolar, dan gangguan spektrum autisme. Tidak seperti gangguan kejiwaan lainnya, diagnosis klinis AN relatif mudah, dan sangat kecil kemungkinannya bahwa diagnosis yang salah diberikan pada kasus AN. Selain itu, fenotip jauh lebih heterogen daripada gangguan afektif atau gangguan spektrum autisme. Oleh karena itu, orang akan berasumsi bahwa heterogenitas fenotipik kurang menjadi perhatian bagi AN. Di sisi lain, ada beberapa tantangan unik untuk analisis genetik AN. Dibandingkan dengan gangguan kejiwaan lainnya, AN mungkin lebih mungkin terkait dengan perbedaan budaya, yang dapat mempersulit studi genetik. Kontribusi relatif budaya dan biologi untuk AN telah lama diperdebatkan di bidang ini; analisis asosiasi masa depan yang menggabungkan latar belakang budaya atau status sosial ekonomi dapat menyebabkan peningkatan daya dan ketepatan untuk mengidentifikasi gen AN.

Sebagai kesimpulan, melalui analisis asosiasi genom untuk SNP dan CNV, kami telah mengkonfirmasi dua gen kandidat yang diterbitkan sebelumnya, namun juga mengidentifikasi gen tambahan yang kemungkinan terlibat dalam patogenesis AN. Gen-gen ini membutuhkan pengujian dalam set data independen tambahan. Studi ini menggambarkan pentingnya menggunakan seluruh genom dan survei genom yang tidak bias untuk mengidentifikasi gen dan mekanisme kerentanan penyakit.

Informasi tambahan

Dokumen Word

  1. 1.

    Angka dan Tabel Tambahan

Lampiran

Lampiran

Anggota Kelompok Kolaborasi Yayasan Harga

Harry Brandt 7, Steve Crawford 7, Scott Crow 8, Manfred M Fichter 9, Katherine A Halmi 10, Craig Johnson 11, Allan S Kaplan 12, 13, 14, Maria La Via 15, James Mitchell 16, 17, Michael Strober 18, Alessandro Rotondo 19, Janet Treasure 20, D Blake Woodside 13, 14, 21, Cynthia M Bulik 15, 22, Pamela Keel 21, Kelly L Klump 23, Lisa Lilenfeld 24, Laura M Thornton 15, Kathy Plotnicov 25, Andrew W Bergen 26 dan Pierre Magistretti 27

7 Departemen Psikiatri, Fakultas Kedokteran Universitas Maryland, Baltimore, MD, AS

8 Departemen Psikiatri, Universitas Minnesota, Minneapolis, MN, AS

9 Rumah Sakit Roseneck untuk Pengobatan Perilaku, Prien, Jerman dan Departemen Psikiatri, Universitas Munich (LMU), Munich, Jerman

10 Rumah Sakit Presbyterian New York - Divisi Westchester, Fakultas Kedokteran Weill di Cornell, Universitas, White Plains, NY, AS

11 Pusat Pemulihan Makan, Denver, Colorado, AS

12 Pusat Kecanduan dan Kesehatan Mental, Toronto, Kanada

13 Departemen Psikiatri, Rumah Sakit Umum Toronto, Jaringan Kesehatan Universitas, Toronto, Kanada

14 Departemen Psikiatri, Universitas Toronto, Toronto, Kanada

15 Departemen Psikiatri, Universitas Carolina Utara di Chapel Hill, Chapel Hill, NC, AS

16 Lembaga Penelitian Neuropsikiatri, Fargo, ND, AS

17 Departemen Ilmu Saraf Klinis, Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Dakota Utara, Grand Forks, ND, AS

18 Departemen Ilmu Psikiatri dan Biobehavioral, Fakultas Kedokteran David Geffen, Universitas California di Los Angeles, Los Angeles, CA, AS

19 Departemen Psikiatri, Neurobiologi, Farmakologi, dan Bioteknologi, Universitas Pisa, Pisa, Italia

20 Dept Academic Psychiatry, Rumah Sakit Bermondsey Wing Guys, Universitas London, Inggris

21 Departemen Psikologi, Universitas Negeri Florida, Tallahassee, FL, AS

22 Departemen Nutrisi, Universitas North Carolina di Chapel Hill, Chapel Hill, NC, USA

23 Departemen Psikologi, Universitas Negeri Michigan, Lansing Timur, MI, AS

24 Program Psikologi Klinis, Universitas Argosy, Washington, DC, AS

25 Departemen Psikiatri, Universitas Pittsburgh, Pittsburgh, PA, AS

26 Pusat Ilmu Kesehatan, SRI Internasional, Menlo Park, CA, USA

27 Brain Mind Institute, EPFLCH-1015 Lausanne, Swiss

Informasi Tambahan menyertai makalah di situs web Molecular Psychiatry (//www.nature.com/mp)