Jurnal isme (Mungkin 2020)

Respons transkripsi dan antagonis Pseudomonas fluorescens Pf0-1 terhadap pesaing bakteri yang secara filogenetik berbeda

Respons transkripsi dan antagonis Pseudomonas fluorescens Pf0-1 terhadap pesaing bakteri yang secara filogenetik berbeda

Subjek Bakteri Ekologi komunitas Ekspresi gen Ekologi mikroba Abstrak Kemampuan bakteri tanah untuk berhasil bersaing dengan berbagai spesies mikroba lainnya sangat penting untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup mereka di lingkungan tanah yang terbatas unsur hara. Dalam karya ini, kami mempelajari perilaku dan respon transkripsi dari Pseudomonas fluorescens strain Pf0-1 yang menghuni tanah pada agar miskin nutrisi untuk berkonfrontasi dengan strain dari tiga genera bakteri yang berbeda secara filogenetik, yaitu Bacillus , Brevundimonas , dan Pedobacter

Analisis metatranscriptomik dari bakterioplankton laut yang dikumpulkan dan diawetkan secara mandiri

Analisis metatranscriptomik dari bakterioplankton laut yang dikumpulkan dan diawetkan secara mandiri

Subjek Ekspresi gen Biooceanografi mikroba Transkriptomik Abstrak Aktivitas mikroba planktonik dan struktur komunitas bersifat dinamis, dan dapat berubah secara dramatis pada skala waktu berjam-jam. Namun karena alasan logistik, skala temporal ini biasanya kurang sampel di lingkungan laut. Untuk memfasilitasi resolusi yang lebih tinggi, pengamatan jangka panjang terhadap keanekaragaman dan aktivitas mikroba, kami mengembangkan protokol untuk pengumpulan otomatis dan fiksasi mikroba laut menggunakan platform Environmental Sample Processor (ESP)

Komposisi komunitas mikroba dalam sedimen menolak gangguan oleh pengayaan nutrisi

Komposisi komunitas mikroba dalam sedimen menolak gangguan oleh pengayaan nutrisi

Subjek Keanekaragaman hayati Biogeokimia Ekologi ekosistem Ekologi mikroba Abstrak Redundansi fungsional dalam komunitas bakteri diharapkan memungkinkan kumpulan mikroba untuk bertahan dari gangguan dengan memungkinkan kontinuitas dalam fungsi meskipun ada perubahan komposisi dalam komunitas. Bukti terbaru menunjukkan, bagaimanapun, bahwa komunitas mikroba mengubah komposisi dan fungsi sebagai akibat dari gangguan

Efek perawatan sampel pada pemulihan genom melalui genomik sel tunggal

Efek perawatan sampel pada pemulihan genom melalui genomik sel tunggal

Subjek Genomik bakteri Metagenomik Abstrak Genomik sel tunggal adalah alat yang ampuh untuk mengakses informasi genetik dari mikroorganisme yang tidak diolah. Metode penanganan sampel sebelum amplifikasi genom sel tunggal dapat mempengaruhi kualitas genom yang diperoleh. Menggunakan tiga strain bakteri kami menunjukkan bahwa, dibandingkan dengan cryopreservasi, genom sel tunggal berkualitas rendah diperoleh kembali ketika sampel diawetkan dalam etanol atau jika sampel mengalami fluoresensi hibridisasi in situ , sedangkan pelestarian sampel dalam paraformaldehyde menjadikannya benar-benar tidak

Virus menumpuk di pusat infeksi yang menua dari patogen hutan jamur

Virus menumpuk di pusat infeksi yang menua dari patogen hutan jamur

Subjek Ekologi mikroba Corrigendum untuk artikel ini diterbitkan pada 20 Januari 2015 Artikel ini telah diperbarui Abstrak Virus jamur (mycovirus) dengan genom RNA diyakini tidak memiliki partikel infektif ekstraseluler. Virus-virus ini ditularkan secara lateral di antara galur-galur jamur melalui anastomosis miselia atau secara vertikal melalui spora yang terinfeksi, tetapi sedikit yang diketahui mengenai prevalensi dan pola penyebarannya dalam kondisi alami

Kumpulan tintinnid yang kaya spesies (protista planktonik laut) disusun berdasarkan ukuran mulut

Kumpulan tintinnid yang kaya spesies (protista planktonik laut) disusun berdasarkan ukuran mulut

Subjek Keanekaragaman hayati Ekologi mikroba Taksonomi Abstrak Banyak taksa mikroba di plankton laut nampak super jenuh dalam kekayaan spesies. Di sini, kami memberikan penjelasan parsial dengan menganalisis bagaimana spesies diatur, pengemasan spesies, baik dari segi taksonomi dan morfologi. Kami fokus pada kelompok yang dipelajari dengan baik, ciliates tintinnid dari microzooplankton, di mana ekologi pemberian makan terkait erat dengan morfologi

Konektivitas ke permukaan menentukan pola keragaman dalam akuifer bawah permukaan dari perisai Fennoscandian

Konektivitas ke permukaan menentukan pola keragaman dalam akuifer bawah permukaan dari perisai Fennoscandian

Subjek Komunitas mikroba Jaringan ekologis Ekologi mikroba Artikel asli diterbitkan pada 29 Maret 2016 Koreksi ke: Jurnal ISME (2016) 10, XX – XX; doi: 10.1038 / ismej.2016.36 Diperbarui online 9 Juni 2016: Artikel ini awalnya diterbitkan di bawah Lisensi NPG untuk Diterbitkan, tetapi sekarang telah tersedia di bawah lisensi CC BY-NC-ND 4.0

Kesamaan dan variasi musiman dalam komunitas bakteri dari darah tikus dan dari vektor kutu mereka

Kesamaan dan variasi musiman dalam komunitas bakteri dari darah tikus dan dari vektor kutu mereka

Subjek Ekologi komunitas Abstrak Mikroba yang ditularkan melalui vektor tunduk pada kendala ekologis dari dua lingkungan mikro yang berbeda: bahwa dalam vektor artropoda dan bahwa dalam darah inang vertebrata. Karena struktur komunitas bakteri di dua lingkungan mikro ini secara substansial dapat mempengaruhi kelimpahan mikroba yang ditularkan melalui vektor, penting untuk memahami hubungan antara komunitas bakteri di kedua lingkungan mikro dan faktor penentu yang membentuknya

Fenologi bakteri pelagis elevasi tinggi: peran variabilitas meteorologis, input tangkapan dan stratifikasi termal dalam struktur komunitas

Fenologi bakteri pelagis elevasi tinggi: peran variabilitas meteorologis, input tangkapan dan stratifikasi termal dalam struktur komunitas

Abstrak Banyak komunitas eukariotik menunjukkan musim yang dapat diprediksi dalam komposisi spesies, tetapi pola fenologis seperti itu tidak terdokumentasi dengan baik dalam komunitas bakteri. Studi ini menghitung variasi musiman dalam komposisi komunitas bacterioplankton di sebuah danau dataran tinggi di Sierra Nevada, California selama periode 3 tahun dari 2004-2006

Respons transkripsi terinduksi cahaya yang terkait dengan pertumbuhan yang ditingkatkan dengan proteorhodopsin dalam flavobacterium laut

Respons transkripsi terinduksi cahaya yang terkait dengan pertumbuhan yang ditingkatkan dengan proteorhodopsin dalam flavobacterium laut

Subjek Biooceanografi mikroba Ekologi mikroba Fotobiologi Transkriptomik Abstrak Proteorhodopsin (PR) adalah photoprotein yang berfungsi sebagai pompa proton yang digerakkan oleh cahaya di Bakteri laut dan Archaea yang beragam. Studi terbaru menunjukkan bahwa PR dapat meningkatkan laju pertumbuhan dan hasil dalam beberapa flavobakteria ketika ditanam di bawah kondisi yang membatasi nutrisi dalam cahaya

Karang melepaskan bakteri sebagai mekanisme potensial ketahanan terhadap pengayaan bahan organik

Karang melepaskan bakteri sebagai mekanisme potensial ketahanan terhadap pengayaan bahan organik

Abstrak Memahami mekanisme ketahanan terumbu karang terhadap pemicu stres antropogenik adalah langkah kritis untuk memitigasi penurunan global mereka saat ini. Asosiasi karang-bakteri sangat penting bagi kesehatan dan penyakit karang, tetapi pengamatan langsung atas interaksi ini sebagian besar masih belum diselidiki

Deteksi diskriminatif dan enumerasi kehidupan mikroba di sedimen bawah permukaan laut

Deteksi diskriminatif dan enumerasi kehidupan mikroba di sedimen bawah permukaan laut

Abstrak Deteksi dan penghitungan kehidupan mikroba di lingkungan alam memberikan informasi mendasar tentang luasnya biosfer di Bumi. Namun, telah lama sulit untuk mengevaluasi kelimpahan sel-sel mikroba di habitat sedimen karena pengikatan non-spesifik pewarna fluorescent dan / atau auto-fluoresensi dari partikel sedimen sangat menghambat pengenalan sinyal yang diturunkan sel

Mikroorganisme bertahan pada kedalaman rekor di subseafloor Canterbury Basin

Mikroorganisme bertahan pada kedalaman rekor di subseafloor Canterbury Basin

Subjek Biooceanografi Ekologi mikroba Artikel asli diterbitkan pada 16 Januari 2014 Koreksi ke: Jurnal ISME (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10.1038 / ismej.2013.250; diterbitkan online 16 Januari 2014 Sejak publikasi artikel ini, telah menjadi perhatian penulis bahwa nomor aksesi studi yang disimpan dalam Sequence Read Archive dihilangkan dari artikel tersebut.

Relung replikasi intraseluler untuk Vibrio cholerae di amuba Acanthamoeba castellanii

Relung replikasi intraseluler untuk Vibrio cholerae di amuba Acanthamoeba castellanii

Subjek Bakteriologi Mikrobiologi air Abstrak Vibrio cholerae adalah patogen manusia dan agen penyebab kolera. Keberadaan bakteri ini di lingkungan perairan adalah masalah epidemiologis kunci, karena kolera ditularkan melalui air yang terkontaminasi. Protista predator, seperti amuba, adalah pengatur utama populasi bakteri di lingkungan tersebut

Keragaman bakteri dalam kaitannya dengan produksi sekunder dan suksesi pada permukaan rumput laut Laminaria hyperborea

Keragaman bakteri dalam kaitannya dengan produksi sekunder dan suksesi pada permukaan rumput laut Laminaria hyperborea

Subjek Sekresi bakteri Keanekaragaman hayati Ekologi hutan Ekologi mikroba Abstrak Hutan rumput laut di seluruh dunia dikenal sebagai hotspot untuk keanekaragaman hayati makroskopik dan produksi primer, namun sangat sedikit yang diketahui tentang keanekaragaman hayati dan peran mikroorganisme dalam ekosistem ini

Keragaman dan analisis fungsional gen luxS dalam Vibrio dari spons laut Mycale laxissima dan Ircinia strobilina

Keragaman dan analisis fungsional gen luxS dalam Vibrio dari spons laut Mycale laxissima dan Ircinia strobilina

Subjek Keanekaragaman hayati Biooceanografi mikroba Ekologi mikroba Simbiosis Abstrak Spons memiliki komunitas mikroba yang sangat beragam dan padat, menyediakan lingkungan di mana pensinyalan bakteri mungkin penting. Quorum sensing (QS) adalah proses pensinyalan yang bergantung pada kepadatan sel yang digunakan bakteri untuk mengoordinasikan dan mengatur ekspresi gen mereka

Metabolisme tingkat sistem dari flora Schaedler yang diubah, mikrobiota usus lengkap

Metabolisme tingkat sistem dari flora Schaedler yang diubah, mikrobiota usus lengkap

Subjek Bakteri Komunitas mikroba Abstrak Schaedler flora yang diubah (ASF) adalah komunitas mikroba model dengan relevansi in vivo dan in vitro . Di sini kami memberikan karakterisasi pertama komunitas ASF secara in vitro , terlepas dari inang murine. Kami membandingkan kandungan genetik fungsional ASF dengan metagenom murine liar dan menemukan bahwa ASF secara fungsional mewakili mikrobioma liar lebih baik daripada konsorsium acak komposisi taksonomi yang sama

Bakteri heterotrofik pengikat nitrogen aktif di dan di bawah chemocline Laut Baltik pusat

Bakteri heterotrofik pengikat nitrogen aktif di dan di bawah chemocline Laut Baltik pusat

Subjek Biooceanografi Ekologi mikroba Abstrak Laut Baltik menerima input nitrogen yang besar dengan cyanobacteria heterosistosa diazotrophic (fix-N 2 ) tetapi signifikansi dari fixation N2 heterotrophic belum diteliti. Di sini, keragaman, kelimpahan dan transkripsi fragmen nifH dari enzim nitrogenase di dua cekungan Laut Baltik diperiksa

Studi fisiologis dan evolusi sistem NAP di Shewanella piezotolerans WP3

Studi fisiologis dan evolusi sistem NAP di Shewanella piezotolerans WP3

Subjek Evolusi bakteri Gen bakteri Fisiologi bakteri Abstrak Sebagian besar spesies Shewanella mengandung dua periplasmic nitrate reductases (NAP-α dan NAP-β), yang merupakan fitur unik dari genus ini. Dalam penelitian ini, fungsi fisiologis dan hubungan evolusi dari dua sistem NAP dipelajari dalam bakteri laut dalam Shewanella piezotolerans WP3.

Keragaman dan kelimpahan mikroorganisme denitrifikasi yang lebih tinggi di lingkungan daripada yang diperkirakan sebelumnya

Keragaman dan kelimpahan mikroorganisme denitrifikasi yang lebih tinggi di lingkungan daripada yang diperkirakan sebelumnya

Subjek Mikrobiologi tanah Abstrak Denitrifikasi adalah proses penting dalam siklus nitrogen global. Gen-gen yang mengkode NirK dan NirS ( nirK dan nirS ), yang mengkatalisasi reduksi nitrit menjadi nitrit oksida, telah digunakan sebagai gen penanda untuk mempelajari perilaku ekologis dari denitrifiers di lingkungan

Pengambilan sampel yang diselesaikan secara spasial mengungkapkan komunitas mikroba yang dinamis dalam peningkatan bulu hidrotermal melintasi cekungan busur belakang

Pengambilan sampel yang diselesaikan secara spasial mengungkapkan komunitas mikroba yang dinamis dalam peningkatan bulu hidrotermal melintasi cekungan busur belakang

Subjek Biogeokimia Ekologi mikroba Abstrak Di dalam bulu hidrotermal, proses kemosintetik dan interaksi mikroba-mineral mendorong produktivitas primer dalam jaring makanan laut dalam dan dapat memengaruhi pengangkutan unsur-unsur seperti besi. Namun, sumber mikroorganisme dalam bulu dan faktor-faktor yang mengatur bagaimana komunitas ini berkumpul kurang dipahami, sebagian karena kurangnya data dari tahap awal pembentukan bulu

Signaling-mediated cross-talk memodulasi pembentukan dan pembentukan biofilm dalam patogen karang Serratia marcescens

Signaling-mediated cross-talk memodulasi pembentukan dan pembentukan biofilm dalam patogen karang Serratia marcescens

Subjek Perilaku binatang Bakteri Biooceanografi mikroba Simbiosis Abstrak Interaksi dalam komunitas mikroba yang terkait dengan holobiont laut berkontribusi penting bagi kesehatan organisme simbiotik yang dibentuk oleh invertebrata, dinoflagellata dan bakteri. Namun, mekanisme yang mengendalikan mikrobiota terkait-invertebrata belum sepenuhnya dipahami

Prostaglandin mirip binatang di mikroalga laut

Prostaglandin mirip binatang di mikroalga laut

Subjek Ekologi molekuler Transkriptomik Abstrak Diatom adalah salah satu produsen utama yang paling berhasil di lingkungan laut dan air tawar. Berasal dari peristiwa endosimbiotik sekunder, diatom memiliki genom campuran yang mengandung gen bakteri, hewan, dan tumbuhan yang mengkodekan jalur metabolisme yang mungkin menjelaskan keberhasilan evolusi mereka

Musiman dan variabilitas spasial yang tinggi dari komunitas protista dalam sistem air tawar dangkal

Musiman dan variabilitas spasial yang tinggi dari komunitas protista dalam sistem air tawar dangkal

Subjek Mikrobiologi air Abstrak Eukariota kecil memiliki peran penting dalam ekosistem perairan, memengaruhi lingkungan lokal mereka, siklus biogeokimia global, dan iklim. Dampaknya tergantung pada struktur komunitas, yang bervariasi sepanjang waktu. Namun, sangat sedikit penelitian yang memperhitungkan variasi temporal

Komunitas jamur dari sedimen laut dalam metana yang mengandung hidrat di Laut Cina Selatan

Komunitas jamur dari sedimen laut dalam metana yang mengandung hidrat di Laut Cina Selatan

Abstrak Untuk menjelaskan keragaman jamur dalam sedimen laut dalam metana yang mengandung hidrat di Laut Cina Selatan, wilayah transkrip internal gen gen rRNA dari lima sampel sedimen DNA yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis secara filogenetik. Total lima perpustakaan ITS dibangun dan 413 klon yang dipilih secara acak dikelompokkan ke dalam 24 pola pembatasan oleh Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA)

Komunitas prokariota yang sangat terstruktur ada di dalam kerangka koloni karang

Komunitas prokariota yang sangat terstruktur ada di dalam kerangka koloni karang

Subjek Keanekaragaman hayati Mikrobiologi lingkungan Ekologi mikroba Microbiome Abstrak Kinerja fisiologis, penyakit dan prevalensi pemutihan seringkali tidak merata di dalam koloni karang individu. Respons ini sebagian besar dipengaruhi oleh mikroba yang berasosiasi dengan karang, tetapi bagaimana mikrobioma karang berubah dalam skala spasial kecil belum pernah dikuantifikasi sebelumnya

Jejak metabolik bakteri epifit pada daun Arabidopsis thaliana

Jejak metabolik bakteri epifit pada daun Arabidopsis thaliana

Subjek Arabidopsis thaliana Metabolomik Ekologi mikroba Fisiologi tumbuhan Abstrak Phyllosphere, yang didefinisikan sebagai bagian dari tanaman darat di atas tanah, adalah habitat besar bagi berbagai mikroorganisme yang menunjukkan tingkat adaptasi yang tinggi terhadap lingkungannya. Sejumlah hipotesis dihasilkan oleh studi genomik fungsional kultur-independen untuk menjelaskan daya saing bakteri khusus di phyllosphere

Keragaman metabolik yang tidak biasa dari komunitas mikroba hyperalkaliphilic yang terkait dengan serpentinisasi di bawah tanah di The Cedars

Keragaman metabolik yang tidak biasa dari komunitas mikroba hyperalkaliphilic yang terkait dengan serpentinisasi di bawah tanah di The Cedars

Subjek Keanekaragaman hayati Biogeokimia Abstrak Air dari mata air Cedars yang mengeluarkan dari batuan ultramafik yang terserpentinisasi memiliki kondisi yang sangat basa (pH = ~ 12), sangat mereduksi ( E h <50550 mV) dengan konsentrasi ionik rendah. Kondisi ini membuat mata air sangat menantang bagi kehidupan

Mixotrophic haptophytes adalah pemakan bakteri kunci di perairan pantai oligotrophic

Mixotrophic haptophytes adalah pemakan bakteri kunci di perairan pantai oligotrophic

Subjek Biooceanografi Ekologi mikroba Abstrak Perkiraan tingkat penggembalaan menunjukkan bahwa sekitar setengah dari bakteri di lautan oligotrofik disebabkan oleh flagel mixotrophic (MFs). Namun, sebagian besar estimasi telah mempertimbangkan alga sebagai satu kelompok. Di sini kami bertujuan membuka kotak hitam phytoflagellates (PFs) <20 μm.

Toleransi stres pada tanaman melalui simbiosis yang disesuaikan dengan habitat

Toleransi stres pada tanaman melalui simbiosis yang disesuaikan dengan habitat

Abstrak Kami menunjukkan bahwa spesies rumput asli dari habitat pesisir dan panas bumi masing-masing memerlukan endofit jamur simbiotik untuk garam dan toleransi panas. Toleransi stres yang diberikan secara simbiotik adalah fenomena spesifik habitat dengan endofit geotermal yang memberikan panas tetapi tidak toleran terhadap garam, dan endofit pantai memberi garam tetapi tidak toleran terhadap panas

Komunitas jamur pada pembusukan serasah daun mengalami perubahan suksesi yang cepat

Komunitas jamur pada pembusukan serasah daun mengalami perubahan suksesi yang cepat

Subjek Ekologi ekosistem Ekologi hutan Ekologi jamur Abstrak Jamur dianggap sebagai pengurai utama biomassa tumbuhan mati di ekosistem darat. Namun, pengetahuan terkini tentang perubahan berturut-turut dalam komunitas jamur selama dekomposisi serasah terbatas. Di sini kami mengeksplorasi perkembangan komunitas jamur selama 24 bulan dekomposisi serasah di hutan beriklim sedang dengan Quercus petraea dominan menggunakan 454-pyrosequencing dari wilayah internal yang ditranskripsi spacer (ITS) dan gen cellobiohydrolase I ( cbhI ), yang menyandikan exocellulases, ke secara khusus membahas pengurai s

Bakteri yang mengandung magnetosome hidup sebagai simbion dari bivalvia

Bakteri yang mengandung magnetosome hidup sebagai simbion dari bivalvia

Subjek Metagenomik Simbiosis Abstrak Bakteri yang mengandung magnetosom (nanopartikel terikat protein dari magnetit atau greigite) adalah umum di banyak habitat sedimen, tetapi belum pernah ditemukan sebelumnya untuk hidup dalam organisme lain. Di sini, kami menunjukkan bahwa inklusi oktahedral dalam simbion ekstraseluler dari bivalvia laut Thyasira lih

Analisis lintas-mendalam dari jaringan bakteri laut menunjukkan penyebaran perubahan temporal ke bawah

Analisis lintas-mendalam dari jaringan bakteri laut menunjukkan penyebaran perubahan temporal ke bawah

Subjek Ekologi mikroba Abstrak Interaksi antara mikroba dan stratifikasi lintas kedalaman keduanya diyakini sebagai pendorong penting komunitas mikroba, meskipun sedikit yang diketahui tentang bagaimana asosiasi mikroba berbeda antara dan lintas kedalaman. Kami telah memantau komunitas mikroba yang hidup bebas di stasiun seri San Pedro Ocean Time, setiap bulan, selama satu dekade, pada lima kedalaman berbeda: 5 m, lapisan maksimum klorofil dalam, 150 m, 500 m dan 890 m (tepat di atas dasar laut)

Perakitan terarah dari kuorum bakteri

Perakitan terarah dari kuorum bakteri

Subjek Mikrobiologi terapan Abstrak Banyak laporan telah menjelaskan mekanisme dan konsekuensi dari quorum sensing (QS) bakteri, sebuah sistem komunikasi molekuler dimana sel-sel bakteri menghitung kepadatan sel mereka dan mengatur perilaku kolektif. Namun, dalam beberapa kasus, jumlah bakteri yang menunjukkan perilaku kolektif ini telah dilaporkan, baik sebagai jumlah konsentrasi atau sebagian kecil dari keseluruhan

Ketersediaan hayati besi untuk fitoplankton: pendekatan empiris

Ketersediaan hayati besi untuk fitoplankton: pendekatan empiris

Subjek Biooceanografi Ekologi mikroba Abstrak Fitoplankton sering dibatasi oleh zat besi di lingkungan perairan. Di sini kami menguji ketersediaan hayati Fe menjadi fitoplankton dengan menganalisis serapan besi dari berbagai substrat Fe oleh beberapa spesies fitoplankton yang tumbuh di bawah kondisi batasan Fe dan membandingkan konstanta laju serapan yang diukur (laju serapan Fe / konsentrasi substrat)

Antagonisme memengaruhi perakitan serikat Bacillus di komunitas lokal dan digambarkan sebagai jaringan rantai makanan

Antagonisme memengaruhi perakitan serikat Bacillus di komunitas lokal dan digambarkan sebagai jaringan rantai makanan

Subjek Bakteri Jaring makanan Abstrak Memahami prinsip-prinsip yang mengatur kumpulan komunitas adalah tujuan utama ekologi. Ada bukti eksperimental yang terbatas dalam pengaturan alami yang menunjukkan bahwa perakitan mikroba di masyarakat dipengaruhi oleh interaksi antagonis. Oleh karena itu, kami menganalisis antagonisme di antara isolat bakteri dari guild bakteri terkait taksonomi yang diperoleh dari lima lokasi dalam sedimen dari sistem air tawar

Genomik komparatif dari dua ekotipe copiotroph planktonik laut Alteromonas macleodii menyarankan gaya hidup alternatif yang terkait dengan berbagai jenis bahan organik partikulat.

Genomik komparatif dari dua ekotipe copiotroph planktonik laut Alteromonas macleodii menyarankan gaya hidup alternatif yang terkait dengan berbagai jenis bahan organik partikulat.

Abstrak Alteromonas macleodii adalah γ-proteobacterium heterotrofik laut yang umum. Isolat dari gugus mikroba ini dengan analisis molekuler menjadi dua kelompok genotipik utama atau ekotipe, satu ditemukan di garis lintang sedang di kolom air atas dan lainnya yang sebagian besar ditemukan di kolom perairan dalam di Mediterania.

Produsen Rhizobitoxine memperoleh lebih banyak poli-3-hidroksibutirat dalam simbiosis daripada bersaing dengan rhizobia, tetapi mengurangi pertumbuhan tanaman

Produsen Rhizobitoxine memperoleh lebih banyak poli-3-hidroksibutirat dalam simbiosis daripada bersaing dengan rhizobia, tetapi mengurangi pertumbuhan tanaman

Abstrak Sanksi legum terhadap rhizobia yang memperbaiki lebih sedikit nitrogen harus memberikan seleksi yang kuat untuk genotipe rhizobia yang lebih menguntungkan, tetapi strain memberikan sedikit manfaat bagi inang. Salah satu alasannya adalah bahwa beberapa rhizobia secara kimia memanipulasi tuan rumah, merusak kemanjuran sanksi

Dispersan kimia meningkatkan aktivitas bakteri laut yang mendegradasi kondensat minyak dan gas

Dispersan kimia meningkatkan aktivitas bakteri laut yang mendegradasi kondensat minyak dan gas

Subjek Metagenomik Ekologi mikroba Sequencing generasi berikutnya Transkriptomik Abstrak Penerapan dispersan kimia untuk tumpahan minyak di lingkungan laut adalah praktik umum untuk menyebarkan minyak ke dalam kolom air dan merangsang biodegradasi minyak dengan meningkatkan bioavailabilitasnya ke bakteri asli yang mampu memetabolisme hidrokarbon secara alami

Bakteri aktif nukleasi es dalam presipitasi secara genetik beragam dan membentuk nukleasi dengan menggunakan mekanisme yang berbeda

Bakteri aktif nukleasi es dalam presipitasi secara genetik beragam dan membentuk nukleasi dengan menggunakan mekanisme yang berbeda

Subjek Mikrobiologi udara Bakteriologi Keanekaragaman hayati Abstrak Semakin banyak bukti tidak langsung yang menunjukkan bahwa bakteri aktif nukleasi es (Ice + ) berkontribusi pada inisiasi pengendapan oleh pembekuan heterologis air super-cool di awan. Namun, sedikit yang diketahui tentang konsentrasi bakteri Ice + dalam presipitasi, keragaman genetik dan fenotipiknya, dan hubungannya dengan lintasan massa udara dan kimia presipitasi

Infeksi Yersinia pestis dan kondisi laboratorium mengubah komunitas bakteri terkait kutu

Infeksi Yersinia pestis dan kondisi laboratorium mengubah komunitas bakteri terkait kutu

Subjek Respon inang bakteri Infeksi bakteri Ekologi mikroba Abstrak Kami mengumpulkan Oropsylla montana dari tupai batu, Spermophilus varigatus , dan menginfeksi sekelompok kutu yang dikumpulkan dengan Yersinia pestis , agen etiologi wabah. Kami menggunakan pyrosequencing DNA yang ditandai untuk mengkarakterisasi komunitas bakteri dari kontrol liar, tidak terinfeksi dan kutu yang terinfeksi

Karakteristik genom dari garis keturunan bakteri laut generalis

Karakteristik genom dari garis keturunan bakteri laut generalis

Subjek Ekologi evolusioner Mikrobiologi laut Filogenomik Abstrak Anggota garis kelautan Roseobacter telah dicirikan sebagai generalis ekologis, menunjukkan bahwa akan ada tantangan dalam menetapkan peran ekologis yang digambarkan dengan baik dan fungsi biogeokimia pada takson. Untuk mengatasi masalah ini, urutan genom dari 32 isolat Roseobacter dianalisis untuk pola dalam karakteristik genom, inventaris gen, dan distribusi gen individu / jalur menggunakan tiga kerangka kerja prediksi: keterkaitan filogenetik, strategi gaya hidup dan asal usul lingkungan dari isolat

Keragaman protista dan bakteri menentukan kinerja dan stabilitas predasi

Keragaman protista dan bakteri menentukan kinerja dan stabilitas predasi

Subjek Bakteri Jaring makanan Ekologi mikroba Abstrak Predasi memengaruhi keanekaragaman dan produktivitas mangsa sementara itu mempengaruhi fluks dan realokasi nutrisi organik ke dalam biomassa pada tingkat trofik yang lebih tinggi. Namun, tidak diketahui bagaimana protista bakteri dipengaruhi oleh keragaman mangsa bakteri mereka

Plastisitas fenotipik dalam komunitas mikroba laut heterotrofik dalam kultur berkelanjutan

Plastisitas fenotipik dalam komunitas mikroba laut heterotrofik dalam kultur berkelanjutan

Subjek Ekologi mikroba Abstrak Plastisitas fenotipik (PP) adalah pengembangan fenotipe alternatif dari takson yang diberikan sebagai adaptasi terhadap kondisi lingkungan. Keterbatasan metodologis telah membatasi kuantifikasi PP pada pengukuran beberapa sifat pada organisme tunggal. Kami menggunakan perpustakaan metatranscriptomik untuk mengatasi tantangan ini dan memperkirakan PP menggunakan gen yang diekspresikan dari berbagai organisme heterotrofik sebagai proksi untuk sifat-sifat dalam komunitas mikroba

Konsep virocell dan mikrobiologi lingkungan

Konsep virocell dan mikrobiologi lingkungan

Subjek Mikrobiologi lingkungan Virologi Virus besar kembali Enumerasi partikel virus dalam sampel lingkungan dengan mikroskop elektron fluoresensi dan transmisi elektron telah menyarankan bahwa virus mewakili entitas biologis paling melimpah di planet kita. Selain itu, analisis metagenomik yang berfokus pada virus (virom) telah menunjukkan bahwa genom virus adalah reservoir besar keanekaragaman genetik baru (Kristensen et al

Kelimpahan, komposisi, keanekaragaman dan kebaruan Proteobacteria tanah

Kelimpahan, komposisi, keanekaragaman dan kebaruan Proteobacteria tanah

Abstrak Survei gen rRNA subunit kecil (16S) menghasilkan klon 16S rRNA yang hampir penuh menawarkan kesempatan unik untuk analisis filogenetik mendalam untuk menyoroti luasnya keanekaragaman dalam berbagai filum bakteri utama yang ditemukan di tanah. Studi ini menawarkan analisis filogenetik terperinci dari klon afiliasi Proteobacteria yang diidentifikasi dari 13

Hubungan antara komunitas tumbuhan dan jamur di seluruh chronosequence deforestasi di hutan hujan Amazon

Hubungan antara komunitas tumbuhan dan jamur di seluruh chronosequence deforestasi di hutan hujan Amazon

Subjek Keanekaragaman hayati Ekologi komunitas Ekologi jamur Ekologi tumbuhan Corrigendum untuk artikel ini diterbitkan pada 24 Juni 2014 Artikel ini telah diperbarui Abstrak Memahami interaksi antara komunitas mikroba, komunitas tanaman dan sifat-sifat tanah setelah deforestasi dapat memberikan wawasan tentang efek jangka panjang dari perubahan penggunaan lahan pada fungsi ekosistem, dan dapat membantu mengidentifikasi pendekatan yang mendorong pemulihan situs terdegradasi

Gambaran genomik yang tidak terduga pada bakteri intraseluler yang tersebar luas: bukti motilitas klamidia laut

Gambaran genomik yang tidak terduga pada bakteri intraseluler yang tersebar luas: bukti motilitas klamidia laut

Subjek Evolusi bakteri Genomik bakteri Simbiosis Abstrak Chlamydiae adalah bakteri intraseluler obligat yang terdiri dari patogen manusia yang penting dan simbion protista. Bukti molekuler menunjukkan keragaman luar biasa dari klamidia terutama di lingkungan laut, namun pengetahuan kita saat ini sebagian besar didasarkan pada perwakilan terestrial

Wawasan genom terhadap SAR86, garis keturunan bakteri laut yang berlimpah dan tidak diolah

Wawasan genom terhadap SAR86, garis keturunan bakteri laut yang berlimpah dan tidak diolah

Abstrak Bakteri dalam clade 16S rRNA SAR86 adalah di antara konstituen yang paling banyak dibudidayakan dari kumpulan mikroba di lautan permukaan yang saat ini sedikit informasi genomnya tersedia. Teknik bioinformatik digunakan untuk merakit dua genom yang hampir lengkap dari metagenom laut dan sekuensing sel tunggal memberikan dua genom parsial lebih banyak

Bakteri 'spesifik-spons' tersebar luas (tetapi jarang) di lingkungan laut yang beragam

Bakteri 'spesifik-spons' tersebar luas (tetapi jarang) di lingkungan laut yang beragam

Subjek Keanekaragaman hayati Mikrobiologi laut Abstrak Sejumlah penelitian telah melaporkan keberadaan cluster sekuens gen ribosom RNA (rRNA) 16S spons, yang mewakili bakteri yang ditemukan di spons tetapi tidak terdeteksi di lingkungan lain, seperti air laut. Munculnya teknologi sekuensing dalam memungkinkan kita untuk memeriksa biosfer mikroba langka untuk menentukan apakah bakteri ini benar-benar spesifik spons, atau lebih luas didistribusikan tetapi hanya pada kelimpahan di bawah batas deteksi pendekatan molekuler konvensional

Ekspresi in situ protein pengikat es eukariotik dalam komunitas mikroba es Kutub Utara dan Antartika

Ekspresi in situ protein pengikat es eukariotik dalam komunitas mikroba es Kutub Utara dan Antartika

Subjek Komunitas mikroba Pengurutan Mikrobiologi air Abstrak Ice-binding protein (IBPs) telah diisolasi dari berbagai organisme es laut. Karakterisasi mereka menunjukkan peran penting dalam melindungi organisme di lingkungan di bawah nol. Namun, kelimpahan in situ dan keanekaragamannya dalam komunitas mikroba es laut alami sebagian besar tidak diketahui

Analisis evolusioner dari garis keturunan streamline dari permukaan laut Roseobacters

Analisis evolusioner dari garis keturunan streamline dari permukaan laut Roseobacters

Subjek Genomik bakteri Mikrobiologi laut Filogenetik Abstrak Sebagian besar bakteri permukaan laut tidak dibudidayakan. Dibandingkan dengan kerabat mereka yang berbudaya, mereka sering menunjukkan genom yang disederhanakan, mengurangi kandungan G + C dan repertoar gen yang berbeda. Ciri-ciri genomik ini relevan dengan adaptasi lingkungan, dan umumnya dianggap telah diperbaiki dalam populasi bakteri laut melalui seleksi

Kontribusi diferensial dari pengoksidasi amonia dan pengoksidasi nitrit terhadap nitrifikasi di empat tanah padi

Kontribusi diferensial dari pengoksidasi amonia dan pengoksidasi nitrit terhadap nitrifikasi di empat tanah padi

Subjek Mikrobiologi tanah Abstrak Lahan padi ditandai oleh banjir reguler dan pemupukan nitrogen, tetapi kepentingan fungsional dari pengoksidasi amonia aerobik dan pengoksidasi nitrit di bawah pengelolaan pertanian yang unik kurang dipahami. Dalam penelitian ini, kami melaporkan kontribusi diferensial dari amonia-pengoksidasi archaea (AOA), bakteri (AOB) dan bakteri pengoksidasi nitrit (NOB) untuk nitrifikasi di empat tanah padi dari daerah geografis yang berbeda (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) dan Jia-Xing (JX)) yang mewakili ekosistem padi di Tiongkok

Keanekaragaman hayati komunitas mikroba bentik di sedimen pantai bioturbasi dikendalikan oleh microniches geokimia

Keanekaragaman hayati komunitas mikroba bentik di sedimen pantai bioturbasi dikendalikan oleh microniches geokimia

Abstrak Kami menggunakan kombinasi pendekatan lapangan dan laboratorium untuk mengatasi bagaimana aktivitas bioturbasi dari dua krustasea, udang hantu Neotrypaea californiensis dan kepiting biola Uca crenulata , memengaruhi keanekaragaman mikroba di dasar laut laguna pesisir (Catalina Harbour, Santa Catalina Island, CA, USA)

Klon fosmid SAR11 yang langka mengkonfirmasikan variabilitas genetik dalam genom 'Candidatus Pelagibacter ubique'

Klon fosmid SAR11 yang langka mengkonfirmasikan variabilitas genetik dalam genom 'Candidatus Pelagibacter ubique'

Abstrak Analisis urutan dijelaskan dari klon fosmid dari perpustakaan metagenomik laut pesisir yang berisi gen 16S rRNA dengan kemiripan urutan tinggi dengan yang dimiliki oleh bakteri SAR11 ' Candidatus Pelagibacter ubique' HTCC1062. Urutan klon fosmid adalah 32.086 bp panjangnya dan mengandung 23 187 bp dari 48-kb hyper-variable region 2 (HVR2) hadir dalam genom ' Cand

Rekonstruksi genomik dari berbagai garis keturunan dari archaea bentik tak berbudaya menunjukkan peran biogeokimia yang berbeda dan relung ekologis

Rekonstruksi genomik dari berbagai garis keturunan dari archaea bentik tak berbudaya menunjukkan peran biogeokimia yang berbeda dan relung ekologis

Subjek Archaea Mikrobiologi lingkungan Ekologi mikroba Corrigendum untuk artikel ini diterbitkan pada 21 Maret 2017 Abstrak Tempat genomik yang berasal dari beberapa garis keturunan archaeal ditemukan dari rejim redoks yang berbeda dalam sedimen di muara Sungai White Oak. Genom archaeal yang direkonstruksi diidentifikasi sebagai milik subkelompok klaster padi III dan V (RC-III, RC-V), Grup Benthic Laut D (MBG-D), dan kelas archaeal yang baru saja dideskripsikan, Theionarchaea

Fiksasi CO2 yang signifikan oleh prymnesiophytes kecil di Samudra Atlantik timur laut subtropis dan tropis

Fiksasi CO2 yang signifikan oleh prymnesiophytes kecil di Samudra Atlantik timur laut subtropis dan tropis

Subjek Biooceanografi mikroba Ekologi mikroba Artikel asli diterbitkan pada 15 April 2010 Koreksi ke: Jurnal ISME (2010) 4 , 1180–1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Sejak publikasi artikel ini penulis telah memperhatikan bahwa unit untuk tingkat spesifik biomassa dari fiksasi CO 2 tidak benar (misalnya, dalam Tabel 2 dan Gambar 4).

Kompos pomace anggur menampung spesies Dehalogenimonas yang respirasi organohalide dengan gen dehalogenase reduktif yang baru

Kompos pomace anggur menampung spesies Dehalogenimonas yang respirasi organohalide dengan gen dehalogenase reduktif yang baru

Subjek Mikrobiologi terapan Remediasi polusi Mikrobiologi tanah Abstrak Bakteri yang merespon organohalide memiliki peran penting dalam siklus klorin alami; Namun, sebagian besar pengetahuan saat ini didasarkan pada budaya dari lingkungan yang terkontaminasi. Kami menunjukkan bahwa kompos pomace anggur tanpa paparan pelarut terklorinasi sebelumnya memiliki spesies Dehalogenimonas ( Dhgm ) yang mampu menggunakan etena terklorinasi, termasuk karsinogen manusia dan polutan air tanah umum vinil klorida (VC) sebagai akseptor elektron

Alkaline phosphatase PhoX lebih banyak didistribusikan dalam bakteri laut daripada PhoA klasik

Alkaline phosphatase PhoX lebih banyak didistribusikan dalam bakteri laut daripada PhoA klasik

Abstrak Fosfor (P) adalah nutrisi penting untuk semua organisme hidup dan dapat mengendalikan pertumbuhan bakteri di laut. Bakteri menginduksi alkali fosfatase ketika fosfat anorganik (P i ) tidak cukup untuk memenuhi persyaratan-P mereka, dan oleh karena itu pengukuran aktivitas alkali fosfatase massal telah digunakan untuk menilai P-status kumpulan mikroba

Ketahanan ekosistem bawah permukaan: pelemahan jangka panjang dari kontaminan bawah permukaan mendukung komunitas mikroba yang dinamis

Ketahanan ekosistem bawah permukaan: pelemahan jangka panjang dari kontaminan bawah permukaan mendukung komunitas mikroba yang dinamis

Abstrak Kecenderungan ekosistem air tanah untuk pulih dari kontaminasi oleh bahan kimia organik (dalam hal ini, limbah tar-batubara) menjadi perhatian penting bagi para ilmuwan dan insinyur yang mengelola situs yang tercemar. Proses pembersihan yang diperantarai secara mikro juga menarik bagi para ahli ekologi karena mereka merupakan mekanisme penting untuk ketahanan ekosistem

Partisi sumber daya dalam kaitannya dengan hidup bersama spesies Lactobacillus di perut tikus hutan

Partisi sumber daya dalam kaitannya dengan hidup bersama spesies Lactobacillus di perut tikus hutan

Abstrak Analisis filogenetik komunitas usus vertebrata sudah maju, tetapi hubungannya, terutama pada tingkat trofik, antara komensal yang berbagi habitat usus hewan monogastrik belum diselidiki sejauh mana. Lactobacillus reuteri strain 100-23 dan Lactobacillus johnsonii strain 100-33 cohabit di dalam perut tikus

Wawasan tentang metabolisme, gaya hidup, dan sejarah evolusi yang diduga dari filum archaeal novel 'Diapherotrites'

Wawasan tentang metabolisme, gaya hidup, dan sejarah evolusi yang diduga dari filum archaeal novel 'Diapherotrites'

Subjek Genomik kuno Abstrak Filum archaeal 'Diapherotrites' baru-baru ini diusulkan berdasarkan analisis filogenomik genom yang diperoleh dari rembesan air bawah tanah di sebuah tambang emas yang ditinggalkan (Homestake mine in Lead, SD, USA). Di sini kami menyajikan analisis rinci tentang kemampuan metabolisme dan fitur genomik dari tiga gen teramplifikasi tunggal (SAGs) milik 'Diapherotrites'

Tingginya tingkat denitrifikasi dan pembuangan nitrat dalam sedimen meresap dingin

Tingginya tingkat denitrifikasi dan pembuangan nitrat dalam sedimen meresap dingin

Subjek Biofilm Biogeokimia Biooceanografi mikroba Abstrak Kami mengukur tingkat denitrifikasi dan penghilangan nitrat dalam sedimen rembesan dingin dari Teluk Meksiko. Tingkat potensi denitrifikasi heterotrofik diuji dalam inkubasi seri waktu. Sedimen surficial yang dihuni oleh Beggiatoa menunjukkan tingkat denitrifikasi potensial heterotrofik yang lebih tinggi (32 μ MN berkurang hari- 1 ) daripada sedimen yang lebih dalam (11 μ MN berkurang hari- 1 ).

Gangguan transportasi karbon akar ke humus hutan merangsang oportunis jamur dengan mengorbankan jamur mikoriza

Gangguan transportasi karbon akar ke humus hutan merangsang oportunis jamur dengan mengorbankan jamur mikoriza

Subjek Ekologi hutan Ekologi jamur Abstrak Jamur ektomikoriza mendominasi lapisan humus hutan boreal. Mereka bergantung pada karbohidrat yang ditranslokasi melalui akar, melalui miselium jamur ke mikrosit dalam tanah, di mana mereka mencari nutrisi. Oleh karena itu jamur mikoriza sensitif terhadap gangguan mengganggu yang dapat membatasi pasokan karbon mereka

Habitat stress memulai perubahan komposisi, pertukaran gas CO2 dan alokasi C sebagai sifat kehidupan dalam kerak tanah biologis

Habitat stress memulai perubahan komposisi, pertukaran gas CO2 dan alokasi C sebagai sifat kehidupan dalam kerak tanah biologis

Subjek Ekofisiologi Mikrobiologi tanah Abstrak Kerak tanah biologis (BSC) adalah unit vegetasi fungsional yang dominan di beberapa habitat paling keras di dunia. Kami menilai respons BSC terhadap stres melalui perubahan komposisi biotik, pertukaran gas CO 2, dan alokasi karbon di tiga BSC yang didominasi lichen dari habitat dengan tingkat stres yang berbeda, dua lokasi ekstrem di Antartika, dan satu lokasi moderat di Jerman

Mikrokosmos mikroba yang diberi makan metana menunjukkan dinamika komunitas yang berbeda dan taksa yang tepat yang terlibat dalam respons komunal

Mikrokosmos mikroba yang diberi makan metana menunjukkan dinamika komunitas yang berbeda dan taksa yang tepat yang terlibat dalam respons komunal

Subjek Mikrobiologi air Abstrak Kami melaporkan pengamatan pada dinamika komunitas bakteri dalam menanggapi stimulus metana dalam inkubasi mikrokosmos laboratorium yang disiapkan dengan sampel sedimen danau. Kami pertama-tama mengukur komposisi taksonomi kultur pengayaan jangka panjang dan menentukan bahwa, meskipun didominasi oleh jenis Methylococcaceae , kultur ini juga mengandung jenis yang menyertai sejumlah taksa bakteri, metilotrof, dan non-metilotrof yang terbatas

Daya tarik bau alami antara bakteri asam laktat dan nematoda Caenorhabditis elegans

Daya tarik bau alami antara bakteri asam laktat dan nematoda Caenorhabditis elegans

Subjek Ekologi molekuler Abstrak Hewan pemangsa dapat melacak mangsa menggunakan indra penciuman yang tajam. Nematoda bacteriovorous elegans Caenorhabditis menggunakan neuron sensorik penciuman yang sensitif yang mengekspresikan reseptor bau seperti vertebrata untuk menemukan bakteri. C. elegans menampilkan perilaku yang berhubungan dengan bau seperti ketertarikan, keengganan dan adaptasi, tetapi signifikansi ekologis dari perilaku ini tidak diketahui

Analisis metatranscriptomik dari klorofototrof dari tikar mikroba air panas

Analisis metatranscriptomik dari klorofototrof dari tikar mikroba air panas

Subjek Ekofisiologi Ekologi mikroba Fotosintesis Transkriptomik Abstrak Komunitas tikar mikroba fototrofik dari Mushroom Spring, sebuah sumber air panas alkali siliceous di Taman Nasional Yellowstone, dipelajari dengan metode metatranscriptomik. RNA diekstraksi dari spesimen mat yang dikumpulkan pada empat titik waktu selama transisi dari terang ke gelap dan gelap ke terang dalam satu siklus diet, dan sampel RNA ini dianalisis oleh teknologi pirosequencing dan SOLiD

Mikrobioma lendir permukaan karang memiliki peran penting dalam memediasi kesehatan holobiont dan bertahan hidup setelah gangguan

Mikrobioma lendir permukaan karang memiliki peran penting dalam memediasi kesehatan holobiont dan bertahan hidup setelah gangguan

Subjek Ekologi mikroba Abstrak Mikroba adalah anggota holobiont karang yang terkenal. Namun, sedikit yang diketahui tentang dinamika jangka pendek komunitas mikroba yang berhubungan dengan lendir dalam kondisi alami dan setelah gangguan, dan bagaimana dinamika ini berhubungan dengan kesehatan inang. Di sini kami memeriksa variabilitas alami komunitas prokariotik (berdasarkan sekuensing amplikon gen RNA ribosom 16S) yang berasosiasi dengan lapisan lendir permukaan (SML) Porites astreoides, suatu spesies yang menunjukkan penuaan dan peluruhan lendir siklis

The Hydrogenase Chip: teknik microarray DNA oligonukleotida ubin untuk mengkarakterisasi mikroba penghasil hidrogen dan konsumen dalam komunitas mikroba

The Hydrogenase Chip: teknik microarray DNA oligonukleotida ubin untuk mengkarakterisasi mikroba penghasil hidrogen dan konsumen dalam komunitas mikroba

Abstrak Kami mengembangkan metode yang luas untuk mengidentifikasi mikroorganisme utama yang memproduksi dan mengonsumsi hidrogen melalui analisis kandungan dan ekspresi gen hidrogenase dalam komunitas mikroba anaerob yang kompleks. Metode ini didasarkan pada ubin hidrogenase gen oligonukleotida DNA microarray (Hydrogenase Chip), yang mengimplementasikan sejumlah besar probe per gen dengan memasang urutan probe di seluruh gen yang diminati pada cakupan 1, 67 × -2 × cakupan.

Pendekatan simbiotik mengembalikan homeostasis usus dan memperpanjang kelangsungan hidup pada tikus leukemia dengan cachexia

Pendekatan simbiotik mengembalikan homeostasis usus dan memperpanjang kelangsungan hidup pada tikus leukemia dengan cachexia

Subjek Penyakit usus Microbiome Abstrak Kanker cachexia adalah sindrom multifaktorial yang mencakup pengecilan otot dan peradangan. Karena mikroba usus memengaruhi imunitas dan metabolisme inang, kami menyelidiki peran mikrobiota usus dalam manajemen terapi kanker dan cachexia terkait. Sebuah analisis komunitas luas dari microbiome caecal dalam dua model tikus kanker cachexia (leukemia akut atau transplantasi sel kanker usus besar subkutan) mengidentifikasi tanda tangan mikroba yang umum, termasuk penurunan Lactobacillus spp

Konvergensi evolusioner dalam populasi Pseudomonas eksperimental

Konvergensi evolusioner dalam populasi Pseudomonas eksperimental

Subjek Genetika bakteri Biofilm Evolusi Abstrak Model sistem mikroba memberikan peluang untuk memahami basis genetik sifat ekologis, evolusi, regulasi, dan kontribusi kebugarannya. Populasi eksperimental Pseudomonas fluorescens dengan cepat menyimpang dalam mikrokosmos terstruktur spasial menghasilkan berbagai bentuk kolonisasi permukaan

Tangkap saya jika Anda dapat: menyebar dan mencari makan Bdellovibrio bacteriovorus 109J di sepanjang miselia

Tangkap saya jika Anda dapat: menyebar dan mencari makan Bdellovibrio bacteriovorus 109J di sepanjang miselia

Subjek Komunitas mikroba Mikrobiologi lingkungan Abstrak Untuk mengatasi lingkungan yang heterogen dan distribusi sumber daya, jamur berfilamen telah mengembangkan pertumbuhan spasial yang luas memungkinkan hifa mereka menembus antarmuka udara-air dan melewati pori-pori yang dipenuhi udara. Miselia seperti itu juga dikenal untuk bertindak sebagai jaringan penyebaran untuk mobilisasi bakteri ('jalan raya jamur') dan koneksi dari mikrohabitat mikroba

Vesikel membran di lingkungan alami: tantangan utama dalam ekologi virus

Vesikel membran di lingkungan alami: tantangan utama dalam ekologi virus

Subjek Ekologi mikroba Virologi Produksi vesikel membran ekstraseluler (selanjutnya disebut MV) adalah fitur seluler universal, umum untuk tiga domain kehidupan (Deatherage dan Cookson, 2012). Secara khusus, telah diketahui selama beberapa dekade bahwa bakteri, termasuk spesies laut, menghasilkan MV di laboratorium tetapi juga dalam biofilm atau selama infeksi (Schooling dan Beveridge, 2006; Deatherage dan Cookson, 2012)

Adaptasi dingin diatur oleh eksisi profag samar di Shewanella oneidensis

Adaptasi dingin diatur oleh eksisi profag samar di Shewanella oneidensis

Subjek Mikrobiologi lingkungan Ekologi mikroba Abstrak Di antara tekanan lingkungan yang dialami oleh bakteri, perubahan suhu adalah salah satu yang paling penting. Dalam penelitian ini, kami menemukan mekanisme adaptasi dingin baru pada Shewanella oneidensis yang terjadi pada tingkat DNA dan diatur oleh eksisi profag kriptik

Acetoclastic Methanosaeta adalah methanogen dominan di sedimen laut Antartika yang kaya organik

Acetoclastic Methanosaeta adalah methanogen dominan di sedimen laut Antartika yang kaya organik

Subjek Biogeokimia Abstrak Meskipun memperhitungkan sebagian besar metana sedimen, fisiologi dan kelimpahan relatif dari metanogen bawah permukaan masih kurang dipahami. Kami menggabungkan teknik lipid polar utuh dan metagenom untuk membatasi kehadiran dan fungsi methanogen dengan lebih baik di dalam, sedimen kaya organik yang sangat berkurang di Cekungan Adelie Antartika

Saluran mikro eksopolisakarida mengarahkan motilitas bakteri dan mengatur perilaku multiseluler

Saluran mikro eksopolisakarida mengarahkan motilitas bakteri dan mengatur perilaku multiseluler

Subjek Komunitas mikroba Abstrak Myxobacteria adalah keluarga bakteri tanah yang membentuk biofilm dari arsitektur kompleks, kawanan multilayer yang selaras atau struktur tubuh buah yang merupakan agregat sederhana atau bercabang yang mengandung myxospores. Di sini, kami memeriksa peran struktural matriks exopolysaccharide (EPS) dalam organisasi sel-sel bakteri yang tinggal di permukaan

Dinamika penularan penyakit menular yang muncul pada satwa liar melalui siklus reproduksi inang

Dinamika penularan penyakit menular yang muncul pada satwa liar melalui siklus reproduksi inang

Subjek Pembiakan binatang Infeksi virus Penularan virus Abstrak Penyakit menular yang muncul adalah ancaman utama bagi populasi satwa liar. Untuk meningkatkan pemahaman kita tentang dinamika penyakit ini, kami menyelidiki bagaimana perilaku reproduksi inang dan variasi suhu musiman mendorong penularan infeksi di antara inang liar, menggunakan model sistem penyakit cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) pada ikan mas biasa

Transkripom bakteri yang mengalami remodeling selama sekuensial kultur dengan dinoflagellate laut dan diatom

Transkripom bakteri yang mengalami remodeling selama sekuensial kultur dengan dinoflagellate laut dan diatom

Subjek Biooceanografi Ekologi mikroba Abstrak Dalam perannya sebagai produsen utama, fitoplankton laut memodulasi aktivitas bakteri heterotrof melalui perbedaan jenis dan jumlah bahan organik yang dilepaskan. Studi ini menyelidiki respon transkripsi dari bakteri Ruegeria pomeroyi , anggota clade Roseobacter yang dikenal berafiliasi dengan beragam kelompok fitoplankton di laut, selama pergantian taksonomi fitoplankton

Metagenomik yang ditargetkan gen mengungkapkan keragaman luas gen dioksigenase aromatik di lingkungan

Metagenomik yang ditargetkan gen mengungkapkan keragaman luas gen dioksigenase aromatik di lingkungan

Abstrak Memahami hubungan antara keragaman gen dan fungsi untuk proses lingkungan penting adalah tujuan penelitian ekologi utama. Kami menerapkan metagenomik dan pyrosequencing yang ditargetkan pada gen untuk gen dioksigenase aromatik untuk mendapatkan kedalaman urutan yang lebih besar daripada yang mungkin dengan metode lain

Menjelajahi virus DNA nukleo-sitoplasma besar di Tara Samudra metagenom mikroba

Menjelajahi virus DNA nukleo-sitoplasma besar di Tara Samudra metagenom mikroba

Subjek Metagenomik Biooceanografi mikroba Abstrak Nucleo-cytoplasmic large DNA virus (NCLDVs) merupakan sekelompok virus eukariotik yang dapat memiliki peran ekologis yang penting di laut dengan mempercepat pergantian host iniselulernya atau dengan menyebabkan penyakit pada hewan. Untuk mengkarakterisasi keragaman, kelimpahan, dan biogeografi NCLDV laut dengan lebih baik, kami menganalisis 17 metagenom yang berasal dari sampel mikroba (kisaran ukuran 0, 2-1, 6 μm) yang dikumpulkan selama Ekspedisi Lautan Tara.

Menangkap taksa yang paling dicari melalui korelasi sampel silang

Menangkap taksa yang paling dicari melalui korelasi sampel silang

Subjek Mikrobiologi terapan Metagenomik Abstrak Human Microbiome Project (HMP) mengidentifikasi urutan gen 16S rRNA dari taksa 'paling dicari' - lazim dalam mikrobiota manusia yang sehat tetapi jauh dari urutan yang diketahui sebelumnya. Sejak 2012, beberapa genom yang sesuai telah diisolasi dan diurutkan, dan hanya melalui teknik isolasi lanjutan

Evolusi divergensi metabolik pada Pseudomonas aeruginosa selama infeksi jangka panjang memfasilitasi interaksi antarspesies proto-kooperatif

Evolusi divergensi metabolik pada Pseudomonas aeruginosa selama infeksi jangka panjang memfasilitasi interaksi antarspesies proto-kooperatif

Subjek Ekologi mikroba Abstrak Efek interaksi polimikroba pada fisiologi patogen dan bagaimana ia dapat bertindak baik untuk membatasi kolonisasi patogen atau untuk mempotensiasi ekspansi patogen dan virulensi tidak dipahami dengan baik. Pseudomonas aeruginosa dan Staphylococcus aureus adalah patogen oportunistik yang umumnya ditemukan bersama dalam infeksi manusia polimikroba

Escherichia coli awal penjajahan memunculkan remodeling epitel kolon tikus bergeser ke arah keadaan homeostatis baru

Escherichia coli awal penjajahan memunculkan remodeling epitel kolon tikus bergeser ke arah keadaan homeostatis baru

Subjek Usus besar Mikrobiota Abstrak Kami meneliti efek bakteri kolonisasi awal pada epitel kolon. Kami mengisolasi bakteri dominan, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum dan novel Fusobacterium spp., Dari isi usus tikus menyusui konvensional dan mentransfernya dalam kombinasi berbeda menjadi tikus dewasa germfree (GF)

Rezim nutrisi mengatur penggunaan awal situs transkripsi kompleks dalam kluster gen Pseudoalteromonas kitinase

Rezim nutrisi mengatur penggunaan awal situs transkripsi kompleks dalam kluster gen Pseudoalteromonas kitinase

Abstrak Gugus gen kitinase dari bakteri laut Pseudoalteromonas sp. S91, chiABC , yang menghasilkan kitinase utama dari sp. Ini, ditranskripsi sebagai operon dan dari masing-masing gen individu. chiA , chiB dan chiC ditemukan memiliki beberapa titik awal transkripsi (TSP), yang penggunaannya ditentukan oleh rezim nutrisi yang digunakan untuk pertumbuhan S91

Genus Micromonospora tersebar luas di nodul akar legum: contoh Lupinus angustifolius

Genus Micromonospora tersebar luas di nodul akar legum: contoh Lupinus angustifolius

Subjek Ekologi mikroba Mikrobiologi tanah Simbiosis Abstrak Pengetahuan kami saat ini tentang interaksi tanaman-mikroba menunjukkan bahwa populasi yang menghuni tanaman inang tidak terbatas pada spesies mikroba tunggal tetapi terdiri dari beberapa genera dan spesies. Tidak ada yang tahu jika komunitas di dalam tanaman berinteraksi, dan telah berspekulasi bahwa efek menguntungkan adalah hasil dari kegiatan gabungan mereka

Penyelidikan molekuler spesifik-garis keturunan mengungkapkan keanekaragaman baru dan pembagian ekologis haplosporidians

Penyelidikan molekuler spesifik-garis keturunan mengungkapkan keanekaragaman baru dan pembagian ekologis haplosporidians

Subjek Biooceanografi Ekologi mikroba Parasitologi Abstrak Haplosporidians adalah parasit rizarian dari sebagian besar invertebrata laut. Mereka termasuk agen penyebab penyakit moluska yang penting secara komersial, termasuk penyakit MSX pada tiram. Meskipun penting untuk ketahanan pangan, keanekaragaman dan distribusinya kurang dikenal

Penginderaan kuorum melindungi kerja sama bakteri dari eksploitasi oleh penipuan

Penginderaan kuorum melindungi kerja sama bakteri dari eksploitasi oleh penipuan

Subjek Ekologi mikroba Abstrak Quorum sensing (QS) adalah sistem komunikasi sel-sel yang ditemukan pada banyak spesies bakteri, biasanya mengendalikan sifat-sifat koperasi yang disekresikan, termasuk enzim pencernaan ekstraseluler. Kami menunjukkan bahwa arsitektur peraturan QS kanonik memungkinkan bakteri untuk merasakan komposisi genotip populasi kepadatan tinggi, dan membatasi investasi koperasi untuk lingkungan sosial yang diperkaya untuk co-operator

Nutrien mendorong perubahan transkripsi yang mempertahankan homeostasis metabolik tetapi mengubah arsitektur genom dalam Microcystis

Nutrien mendorong perubahan transkripsi yang mempertahankan homeostasis metabolik tetapi mengubah arsitektur genom dalam Microcystis

Subjek Ekologi air tawar Ekologi mikroba Transkriptomik Corrigendum untuk artikel ini diterbitkan pada tanggal 23 September 2014 Artikel ini telah diperbarui Abstrak Cyanobacterium Microcystis aeruginosa adalah organisme pembentuk bunga yang terdistribusi secara global yang mendegradasi sistem air tawar di seluruh dunia

Kehidupan di ujung tombak: respons genom fungsional dari Ignicoccus hospitalis terhadap keberadaan Nanoarchaeum equitans

Kehidupan di ujung tombak: respons genom fungsional dari Ignicoccus hospitalis terhadap keberadaan Nanoarchaeum equitans

Subjek Genomik kuno Biologi evolusi Genomik fungsional Dinamika populasi Abstrak Crenarchaeon hipertermofilik laut Ignicoccus hospitalis mendukung perkembangbiakan Nanoarchaeum equitans di permukaannya, sebuah archaeon enigmatic evolusioner yang menyerupai bakteri parasit dan simbiotik yang sangat diturunkan

Pencarian untuk pandangan terpadu tentang kolonisasi tanah bakteri

Pencarian untuk pandangan terpadu tentang kolonisasi tanah bakteri

Subjek Metagenomik Ekologi mikroba Filogenetik Abstrak Menjelajahi mekanisme molekuler yang mendasari transisi bakteri dari air ke darat merupakan awal yang kritis menuju pemahaman yang lebih baik tentang fungsi dan stabilitas ekosistem terestrial. Di sini, kami melakukan analisis komprehensif berdasarkan berbagai macam bakteri dengan mengintegrasikan taksonomi, filogenetik, dan data metagenomik, dalam pencarian pandangan terpadu yang menjelaskan dinamika genomik, evolusi, dan ekologis dari nenek moyang laut dalam beradaptasi dengan lingkungan yang tidak beradaya

Penggunaan isotop stabil yang menyelidik untuk mengidentifikasi mikroorganisme penurun zat besi utama yang terlibat dalam degradasi benzena anaerob

Penggunaan isotop stabil yang menyelidik untuk mengidentifikasi mikroorganisme penurun zat besi utama yang terlibat dalam degradasi benzena anaerob

Abstrak Di sini, kami menyajikan karakterisasi fungsional dan filogenetik terperinci dari budaya pengayaan pengurangan zat besi yang dipertahankan di laboratorium kami dengan benzena sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. Kami menggunakan isotop stabil DNA untuk mengidentifikasi mikroba dalam pengayaan yang paling aktif dalam asimilasi 13 C-label

Hubungan fungsional antara Campylobacter concisus dan ekosistem lambung dalam kesehatan dan penyakit

Hubungan fungsional antara Campylobacter concisus dan ekosistem lambung dalam kesehatan dan penyakit

Subjek Ekologi mikroba Mikrobiota Grup kami telah membaca dengan penuh minat artikel oleh von Rosenvinge et al. (2013) tentang karakterisasi mikrobiota hadir dalam cairan lambung menggunakan kedua 16S ribosomal DNA dan ribosomal RNA sequencing. Keasaman lambung dan enzim proteolitik bertindak sebagai penghalang bagi mikroba yang tertelan, sehingga memengaruhi ekologi mikroba dari seluruh saluran pencernaan (GIT)

Sirkuit penginderaan kuorum yang digerakkan oleh AHL: frekuensi dan fungsinya di antara Proteobacteria

Sirkuit penginderaan kuorum yang digerakkan oleh AHL: frekuensi dan fungsinya di antara Proteobacteria

Sekarang jelas bahwa bakteri menggunakan sistem pengaturan yang disebut quorum sensing (QS) untuk merasakan kepadatan populasi mereka. Sistem seperti itu tergantung pada produksi molekul pensinyalan yang mengaktifkan gen spesifik ketika sinyal mencapai konsentrasi ambang batas kritis. Gen yang diatur QS seperti itu menghasilkan fenotipe yang memerlukan perilaku terkoordinasi untuk menyampaikan keunggulan kompetitif bagi populasi (seperti pembentukan biofilm dan patogenesis)

Biogeografi dan keanekaragaman Collodaria (Radiolaria) di lautan global

Biogeografi dan keanekaragaman Collodaria (Radiolaria) di lautan global

Subjek Keanekaragaman hayati Biooceanografi mikroba Abstrak Collodaria adalah protista laut heterotrof yang ada baik sebagai koloni besar yang terdiri dari ratusan sel atau sel soliter besar. Semua spesies yang dideskripsikan sejauh ini memiliki mikroalga intraseluler sebagai photosymbionts. Meskipun survei keanekaragaman lingkungan baru-baru ini berdasarkan metode molekuler menunjukkan kontribusinya yang tinggi secara konsisten terhadap komunitas planktonik dan keberadaannya di seluruh dunia, pemahaman kita tentang keanekaragaman dan biogeografi mereka masih sangat terbatas

Bukti molekuler tentang keterbatasan dan ketersediaan besi di Trichodesmium diazotroph global

Bukti molekuler tentang keterbatasan dan ketersediaan besi di Trichodesmium diazotroph global

Subjek Fisiologi bakteri Biogeokimia Biooceanografi mikroba Evolusi molekuler Abstrak Aktivitas dari genus cyanobacterial genus Trichodesmium yang memperbaiki N 2 sangat penting bagi siklus nitrogen (N) dan karbon (C) global. Meskipun besi (Fe) telah terbukti menjadi elemen penting yang membatasi pertumbuhan dan fiksasi N 2 Trichodesmium , belum ada data spesifik yang menunjukkan pengaruh in situ Fe pada Trichodesmium

Produksi Siderophore dan pembentukan biofilm sebagai sifat sosial yang terkait

Produksi Siderophore dan pembentukan biofilm sebagai sifat sosial yang terkait

Abstrak Virulensi mikroba patogen dapat bergantung pada sel-sel individu yang bekerja sama dalam produksi molekul bersama yang memfasilitasi kolonisasi atau eksploitasi inang. Namun, kelompok yang bekerja sama dapat dieksploitasi oleh pembelot sosial atau 'penipu'. Memahami ekologi dan evolusi kerja sama karena itu relevan dengan mikrobiologi klinis

Mengkarakterisasi dinamika populasi mikroba campuran menggunakan analisis deret waktu

Mengkarakterisasi dinamika populasi mikroba campuran menggunakan analisis deret waktu

Abstrak Karena kekurangan umum dari data populasi temporal, struktur dinamis dalam komunitas mikroba sebagian besar masih belum dieksplorasi. Namun, pengetahuan tentang dinamika komunitas sangat penting untuk memahami mekanisme yang digunakan mikroba untuk berinteraksi. Di sini, kami telah menggunakan pendekatan komputasi untuk kuantifikasi bakteri dalam populasi multispesies, menghasilkan data untuk pemodelan deret waktu

Analisis langsung ekspresi gen tfdA oleh bakteri asli dalam asam pertanian fenoksi diubah

Analisis langsung ekspresi gen tfdA oleh bakteri asli dalam asam pertanian fenoksi diubah

Abstrak Ekspresi gen fungsional tfdA yang terlibat dalam degradasi asam fenoksiasetat seperti asam 2, 4-diklorofenoksiasetat (2, 4-D) dan asam 4-kloro-2-metilfenoksiasetat (MCPA) diselidiki selama skenario degradasi pada sampel tanah alami yang tidak dibutuhkan. Hasil tersebut menggambarkan bagaimana analisis berbasis messenger RNA (mRNA) sangat cocok untuk secara kuantitatif mempelajari aktivitas populasi mikroba spesifik di tanah menggunakan biodegradasi asam fenoksiasetat sebagai sistem model

Genomik komparatif dari garis keturunan patogen dari Vibrio nigripulchritudo mengidentifikasi sifat-sifat yang terkait dengan virulensi

Genomik komparatif dari garis keturunan patogen dari Vibrio nigripulchritudo mengidentifikasi sifat-sifat yang terkait dengan virulensi

Subjek Patogenesis bakteri Genomik komparatif Rekombinasi DNA Filogenetik Abstrak Vibrio nigripulchritudo adalah patogen yang muncul dari udang budidaya di Kaledonia Baru dan daerah lain di Indo-Pasifik. Penentu molekuler patogenitas V. nigripulchritudo tidak diketahui; Namun, studi epidemiologi molekuler menunjukkan bahwa patogenisitas terkait dengan garis keturunan tertentu