Protokol (April 2020)

Penggunaan labirin plus tinggi sebagai uji perilaku terkait kecemasan pada tikus

Penggunaan labirin plus tinggi sebagai uji perilaku terkait kecemasan pada tikus

Abstrak Labirin yang ditinggikan plus adalah uji perilaku yang banyak digunakan untuk tikus dan telah divalidasi untuk menilai efek anti-kecemasan agen farmakologis dan hormon steroid, dan untuk menentukan daerah otak dan mekanisme yang mendasari perilaku terkait kecemasan. Secara singkat, tikus atau tikus ditempatkan di persimpangan empat lengan labirin, menghadap lengan terbuka, dan entri / durasi di setiap lengan dicatat oleh sistem pelacakan video dan pengamat secara bersamaan selama 5 menit

Generasi populasi yang ditentukan dan seragam dari progenitor dan neuron SSP dari sel induk embrionik tikus

Generasi populasi yang ditentukan dan seragam dari progenitor dan neuron SSP dari sel induk embrionik tikus

Abstrak Protokol terperinci dijelaskan memungkinkan pembentukan populasi neuron glutamatergik yang pada dasarnya murni dari sel batang embrionik tikus (ES). Ini didasarkan pada kultur sel ES yang dijaga tetap tidak berdiferensiasi dengan pemisahan berulang dan kemudian diamplifikasi sebagai agregat sel yang tidak patuh

Corrigendum: Protokol standar untuk stres kekalahan sosial yang berulang pada tikus

Corrigendum: Protokol standar untuk stres kekalahan sosial yang berulang pada tikus

Artikel asli diterbitkan pada 21 Juli 2011 Nat. Protoc. 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10.1038 / nprot.2011.361; diterbitkan online 21 Juli 2011; dikoreksi setelah dicetak 17 Desember 2014 Dalam versi artikel ini yang awalnya diterbitkan, ada beberapa kebingungan tentang penafsiran kalimat "Lebih lanjut, kekalahan harus dijalankan di bawah evaluasi dokter hewan yang konstan dan dengan persetujuan penuh dari semua dewan dan standar peninjauan kelembagaan yang diperlukan.&

Uji sitokinesis-blok micronucleus cytome

Uji sitokinesis-blok micronucleus cytome

Artikel ini telah diperbarui Abstrak Uji sitokinesis-blok micronucleus cytome adalah sistem komprehensif untuk mengukur kerusakan DNA, sitostasis dan sitotoksisitas. Peristiwa kerusakan DNA dinilai secara khusus dalam sel binucleated (BN) yang terpecah satu kali dan termasuk (a) micronuclei (MNi), biomarker kerusakan kromosom dan / atau hilangnya seluruh kromosom, (b) jembatan nukleoplasma (NPBs), biomarker DNA misrepair dan / atau fusi akhir telomer, dan (c) tunas nuklir (NBUD), biomarker eliminasi DNA yang diperbesar dan / atau kompleks perbaikan DNA

Penggabungan fluorotyrosines khusus-lokasi ke dalam subunit R2 E. coli ribonucleotide reductase oleh ligasi protein yang diekspresikan

Penggabungan fluorotyrosines khusus-lokasi ke dalam subunit R2 E. coli ribonucleotide reductase oleh ligasi protein yang diekspresikan

Abstrak Pengikatan protein yang dinyatakan (EPL) memungkinkan semisintesis protein target dengan penggabungan probe spesifik lokasi atau asam amino tidak alami pada termini N atau C-nya. Di sini, kami menggambarkan protokol yang dikembangkan oleh laboratorium kami untuk menggabungkan fluorotyrosines (F n Ys) pada residu 356 dari subunit kecil Escherichia coli ribonucleotide reductase menggunakan EPL

Corrigendum: Analisis jumlah salinan genome sel tunggal

Corrigendum: Analisis jumlah salinan genome sel tunggal

Artikel asli diterbitkan pada 03 Mei 2012 Nat. Protoc. 7 , 1024-1041 (2012); diterbitkan secara online 3 Mei 2012; dikoreksi setelah dicetak 24 Februari 2016 Dalam versi artikel ini yang awalnya diterbitkan, unit untuk konsentrasi NaCl dalam buffer NST yang dijelaskan di bagian Pengaturan Reagen salah

Uji throughput tinggi mikronukleus in vivo untuk skrining ketidakstabilan genom pada tikus

Uji throughput tinggi mikronukleus in vivo untuk skrining ketidakstabilan genom pada tikus

Subjek Kerusakan dan perbaikan DNA Flow cytometry Ketidakstabilan genom Mouse Abstrak Kami menggambarkan metode sensitif, kuat, dan throughput tinggi untuk mengukur pembentukan micronuclei, penanda ketidakstabilan genom, dalam eritrosit tikus. Micronuclei adalah seluruh kromosom atau segmen kromosom yang telah dipisahkan dari nukleus

Penyaringan aktivitas substrat (SAS): prosedur umum untuk persiapan dan penyaringan pustaka substrat protease non-peptida berbasis fragmen untuk penemuan inhibitor

Penyaringan aktivitas substrat (SAS): prosedur umum untuk persiapan dan penyaringan pustaka substrat protease non-peptida berbasis fragmen untuk penemuan inhibitor

Abstrak Penyaringan aktivitas substrat (SAS) adalah metode berbasis fragmen untuk pengembangan substrat novel yang cepat dan konversi mereka menjadi inhibitor Cys and Ser protease yang non-peptida. Metode ini terdiri dari tiga langkah: (i) perpustakaan N -acyl aminocoumarins dengan beragam, kelompok N- asil berat molekul rendah disaring untuk mengidentifikasi substrat protease menggunakan uji sederhana berbasis fluoresensi; (ii) substrat N -acyl aminocoumarin yang diidentifikasi dioptimalkan dengan sintesis dan evaluasi analog yang cepat; dan (iii) substrat yang dioptimalkan dikonversi menjadi

Kultur primer sel bovine chromaffin

Kultur primer sel bovine chromaffin

Abstrak Protokol ini menggambarkan kultur primer sel-sel kromafin individual yang berasal dari pencernaan enzimatik dari medula adrenal kelenjar adrenal sapi. Sejak akhir 1970-an, sel-sel tersebut telah menyediakan sistem model yang berguna untuk mempelajari biosintesis neurotransmitter, penyimpanan dan pelepasan dalam sistem katekolaminergik

Tes berbasis biosensor untuk PQS, HHQ dan molekul sinyal pengindera 2-alkyl-4-quinolone quorum sensing yang terkait

Tes berbasis biosensor untuk PQS, HHQ dan molekul sinyal pengindera 2-alkyl-4-quinolone quorum sensing yang terkait

Abstrak 2-Alkil-4-kuinolon (AHQs) seperti 2-heptyl-3-hydroxy-4-quinolone (PQS) dan 2-heptyl-4-quinolone (HHQ) adalah molekul sinyal pengindraan kuorum. Di sini, kami menjelaskan metode untuk deteksi AHQ, identifikasi tentatif dan kuantifikasi, yang menggunakan strain biosensor AHQ Pseudomonas aeruginosa berbasis lux

Analisis kuantitatif uji penangkapan konformasi kromosom (3C-qPCR)

Analisis kuantitatif uji penangkapan konformasi kromosom (3C-qPCR)

Abstrak Teknologi kromosom konformasi penangkapan (3C) adalah metodologi perintis yang memungkinkan organisasi genom in vivo untuk dieksplorasi pada skala yang mencakup beberapa puluh hingga beberapa ratus kilobase-pasangan. Memahami pelipatan genom pada skala ini sangat penting pada mamalia di mana elemen pengatur yang tersebar, seperti peningkat atau isolator, terlibat dalam regulasi gen

Generasi ekstrak bebas sel telur Xenopus dan kromatin sperma demembranasi untuk perakitan dan isolasi nukleus yang dibentuk secara in vitro untuk Western blotting dan scanning electron microscopy (SEM)

Generasi ekstrak bebas sel telur Xenopus dan kromatin sperma demembranasi untuk perakitan dan isolasi nukleus yang dibentuk secara in vitro untuk Western blotting dan scanning electron microscopy (SEM)

Abstrak Protokol ini merinci metode untuk menghasilkan ekstrak bebas sel dan templat DNA dari telur dan kromatin sperma, masing-masing, dari kodok cakar Xenopus laevis . Kami telah menggunakan sistem ini dengan pemindaian mikroskop elektron (SEM), sebagaimana dirinci di sini, untuk menganalisis persyaratan biokimia dan jalur struktural untuk biogenesis amplop nuklir eukariotik (NE) dan kompleks pori nuklir (NPC)

Memperoleh genom dari mikroorganisme lingkungan yang tidak diolah menggunakan genomik sel tunggal berbasis FACS

Memperoleh genom dari mikroorganisme lingkungan yang tidak diolah menggunakan genomik sel tunggal berbasis FACS

Subjek Mikrobiologi lingkungan Flow cytometry Genomik Amplifikasi seluruh genom Abstrak Genomik sel tunggal adalah alat yang ampuh untuk menjelajahi susunan genetik mikroorganisme lingkungan, yang sebagian besar sulit, jika bukan tidak mungkin, diolah dengan pendekatan saat ini. Di sini kami menyajikan protokol komprehensif untuk memperoleh genom dari mikroba lingkungan yang tidak diolah melalui isolasi sel tunggal throughput tinggi oleh FACS

Arthritis yang diinduksi kolagen

Arthritis yang diinduksi kolagen

Abstrak Model tikus yang diinduksi kolagen (CIA) adalah model autoimun yang paling banyak dipelajari dari artritis reumatoid. Arthritis autoimun diinduksi dalam model ini dengan imunisasi dengan emulsi adjuvan Freund lengkap dan kolagen tipe II (CII). Protokol ini menjelaskan langkah-langkah yang diperlukan untuk akuisisi, penanganan dan persiapan CII, serta pemilihan strain tikus, teknik imunisasi yang tepat dan evaluasi kejadian dan keparahan artritis

Generasi organoid serebral dari sel induk berpotensi majemuk manusia

Generasi organoid serebral dari sel induk berpotensi majemuk manusia

Subjek Pengembangan sistem saraf Neurogenesis Model neurologis Diferensiasi sel induk Abstrak Perkembangan otak manusia menunjukkan beberapa aspek unik, seperti peningkatan kompleksitas dan perluasan output neuron, yang telah terbukti sulit untuk dipelajari dalam model organisme. Akibatnya, pendekatan in vitro untuk memodelkan perkembangan otak manusia dan penyakit adalah bidang penelitian yang intens

Erratum: Analisis partikel tertambat pada DNA sirkular superkoil menggunakan pegangan asam nukleat peptida

Erratum: Analisis partikel tertambat pada DNA sirkular superkoil menggunakan pegangan asam nukleat peptida

Artikel asli diterbitkan pada 21 Agustus 2014 Nat. Protoc. 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10.1038 / nprot.2014.152; diterbitkan online 21 Agustus 2014; dikoreksi setelah cetak 12 September 2014 Dalam versi artikel ini awalnya diterbitkan, sumber dari mana Gambar 2, 4, 8 dan 9 diadaptasi tidak dikutip dan dikreditkan dengan benar.

Analisis komprehensif fagosit mononuklear retina tikus

Analisis komprehensif fagosit mononuklear retina tikus

Subjek Neuroimunologi Retina Abstrak Sistem imun bawaan diaktifkan dalam sejumlah gangguan retina degeneratif dan inflamasi seperti degenerasi makula terkait usia (AMD). Mikroglia retina, makrofag koroid, dan monosit yang direkrut, secara kolektif disebut 'fagosit mononuklear retina', merupakan penentu penting hasil penyakit mata

Pengembangan, validasi dan implementasi afinitas logam imobilisasi untuk pengujian skrining throughput tinggi berbasis fosfokimia (IMAP) untuk perpustakaan senyawa berbobot molekul rendah

Pengembangan, validasi dan implementasi afinitas logam imobilisasi untuk pengujian skrining throughput tinggi berbasis fosfokimia (IMAP) untuk perpustakaan senyawa berbobot molekul rendah

Abstrak Protokol ini menjelaskan pengembangan pengujian, validasi, dan implementasi afinitas logam terimobilisasi otomatis untuk fosfokimia (IMAP) berbasis polarisasi fluoresensi (FP) dan pengujian transfer energi resonansi fluoresensi (TR-FRET) yang diputuskan untuk pengujian tingkat tinggi (HTS) untuk identifikasi inhibitor kinase berat molekul rendah

Corrigendum: Nanokatalis berbasis-Cobalt untuk proses oksidasi dan hidrogenasi hijau

Corrigendum: Nanokatalis berbasis-Cobalt untuk proses oksidasi dan hidrogenasi hijau

Artikel asli diterbitkan pada 21 Mei 2015 Nat. Protoc. 10 , 916–926 (2015); diterbitkan online 21 Mei 2015; dikoreksi setelah cetak 16 September 2015 Dalam versi artikel ini yang awalnya diterbitkan, Kotak 1 memiliki judul yang salah; judul yang benar adalah 'Eksperimen daur ulang katalis dengan nitrobenzene: 30 jam.&